- Docente: Marco Candela
- Crediti formativi: 6
- SSD: CHIM/11
- Lingua di insegnamento: Inglese
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea in Genomics (cod. 9211)
Conoscenze e abilità da conseguire
Al termine del corso lo studente conosce: i) i principali metodi per la profilazione tassonomica, l'analisi funzionale e il confronto della comunità di genomi e trascrittomi estratti da un campione ambientale o da una biopsia. Conosce come descrivere la biodiversità di qualunque nicchia ambientale attraverso l'analisi del materiale genetico in essa presente.
Contenuti
- General Introduction: metagenomics, microbial ecosystems and microbiomes, definitions, importance and applications, main technical aspects, goals for a metagenome study, types of metagenome studies, NGS sequencing, second-and third-generation NGS platforms;
- NGS sequencing: sampling, DNA extraction from different matrices (soil, air, water and biological samples), multiplexing andlibrary preparation, NGS sequencing reaction; marker gene 16S sequencing and shotgun metagenomics;
- bioinformatic analysis: demultiplexing, quality filtering, reads mapping, contigues reconstruction, assignment on reference databases (KEGG, COGS, greengenes and SILVA, alpha and beta diversity)
- biostatistics: multivariate statistics, exploratory ordination, clustering, canonical correlation, discriminatory methods and machine learning, analysis of variance, permutation, biological networks and co-abundance groups
- Ecological rules and dominant dynamics of microbial communities
- The human microbiome, from recent co-evolution to personalized medicine
- Earth microbiomes, ecological centrality, microbiome for climate change and microbiomes biotechnology (microbiomes for food security, microbiomes for biodiscovery and synthetic biology)
- Paleometagenomics, from paleobioprospecting to paleoclimatic records and long term co-evolution
Testi/Bibliografia
Papers and reviews suggested by the teacher
Laboratory notes
Metodi didattici
Frontal lessons and laboratory experiences
Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento
Oral examination
Strumenti a supporto della didattica
Board, projector and bioinformatic lab
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Marco Candela
SDGs
L'insegnamento contribuisce al perseguimento degli Obiettivi di Sviluppo Sostenibile dell'Agenda 2030 dell'ONU.