85306 - PROTEOMES, INTERACTOMES AND BIOLOGICAL NETWORKS

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente possiede le conoscenze di base e le tecniche sperimentali per analizzare su larga scala proteine espresse in sistemi biologici e per definire le loro interazioni. Lo studente ha familiarità con le banche dati pubblicamente disponibili riguardanti collezioni di dati di proteomica e interattomica. Egli conosce anche come rappresentare e analizzare la complessità strutturale di interazioni utilizzando la teoria dei Network.

Contenuti

Lezioni teoriche (4 CFU):

1. Fondamenti delle proprietà di struttura delle proteine
2. Tecniche di proteomica
3. Database di riferimento per le proteine
4. Complessi proteici e interazioni
   
5. Tipi di interazioni macromolecolari
6. Tecniche di interattomica
7. Database di riferimento per le interazioni
   
8. Arricchimento funzionale
9. Recupero delle informazioni dai databases disponibili in rete
10. Teoria dei grafi
11. Proprietà delle reti biologiche

Laboratorio pratico (2 CFU):

1. File e formati per maneggiare proteine e reti
2. Analisi e visualizzazione della struttura delle proteine e dei complessi proteina-proteina
3. Analisi e visualizzazione di reti biologiche
4. Strumenti di proteomica e interattomica

Testi/Bibliografia

Slide, articoli e materiale digitale vario saranno resi disponibili online.

Metodi didattici

Lezioni frontali, attività di laboratorio, sviluppo di script, con 16 ore di attività in modalità blended.

Metodologia di innovazione didattica:

- flipped classroom: alcune delle risorse per lo studio delle proteine verranno prima sperimentate singolarmente, e poi condivise in aula sottolineandone differenze e similarità. Questo permetterà agli studenti di poter toccare più da vicino l’ampia gamma di risorse di proteomica disponibili online, mettendosi alla prova come utenti per misurare le proprie abilità e poi in aula poter lavorare sui propri punti più fragili con l’aiuto del docente.

- journal club: gli studenti verranno invitati a leggere una selezione delle ultime pubblicazioni nel campo, analizzandole prima in maniera autonoma seguendo ciascuno i propri tempi di comprensione, e poi con un confronto in aula che si arricchirà del lavoro e della voce dei colleghi

- produzione di elaborato: sviluppo di un elaborato personale che incentivi lo studente a sperimentare quanto appreso con curiosità e creatività, favorendo lo sviluppo di competenze trasversali quali team-building e il problem-solving.

 

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

L'esame finale è orale, con domande relative agli argomenti affrontati in entrambi i moduli (pratico e teorico).

Al termine delle lezioni del modulo laboratoriale e prima di sostenere l'esame orale, lo studente è tenuto a presentare un elaborato personale. 

Al fine di valorizzare e riconoscere l’impegno partecipato dello studente, saranno previsti momenti di autovalutazione intermedia nella modalità di questionari (anche utilizzando risorse digitali), mentre l’esito positivo dell’elaborato sarà considerato nella valutazione finale dell’esame.

 

Strumenti a supporto della didattica

Risorse online, Data Base Pubblici, PubMed, e materiali (pdf delle lezioni e articoli selezionati) sui team di Virtuale/MS.

Durante le sezioni pratiche, gli studenti sono incoraggiati a utilizzare il proprio laptop personale e installare direttamente alcuni strumenti software largamente diffusi - e gratuiti per la proteomica/interactomica (ChimeraX, Cytoscape, LigPlus) e sono invitati a ripassare e rafforzare le loro nozione di programmazione di base (Bash, R, Python).

Gli studenti devono seguire i moduli 1 e 2 del corso di Sicurezza per i laboratori informatici https://elearning-sicurezza.unibo.it/ prima della prima lezione di laboratorio

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Giulia Babbi