Azienda Agraria
- Direttore: Leonardo Nanni Costa
Centro di Ricerca Biomedica Applicata - CRBA
- Direttrice: Manuela Ferracin
Centro di Ricerca e Formazione sul Settore Pubblico - CRIFSP
- Direttore: Nicola Aicardi
Centro di Ricerca Interdipartimentale Alma Mater Research Institute For Human-Centered Artificial Intelligence (Alma Human AI)
- Direttrice: Michela Milano
Centro di Ricerca Interdipartimentale Alma Mater Research Institute on Global Challenges and Climate Change (Alma Climate)
- Direttore: Luca Lambertini
Centro di Ricerca sui Sistemi Elettronici per l'Ingegneria dell'Informazione e delle Telecomunicazioni "Ercole De Castro" - ARCES
- Direttrice: Elena Gnani
Centro di Studi Avanzati sul Turismo - CAST
- Direttore: Francesco Maria Barbini
Centro Interdipartimentale di Ricerca per le Scienze Ambientali - CIRSA
- Direttrice: Serena Righi
Centro Laboratori didattica chimica - CILDIC
- Direttore: Andrea Mazzanti
Centro Interdipartimentale Alma Mater Institute on Healthy Planet (Alma Healthy Planet)
Centro Internazionale di Studi Umanistici “Umberto Eco” - CUE
- Direttrice: Giuliana Benvenuti
Scuola Superiore di Studi sulla Città e il Territorio - SSCT
- Direttore: Giuseppe Lepore