- Docente: Alessio Boattini
- Crediti formativi: 6
- SSD: BIO/08
- Lingua di insegnamento: Italiano
- Modalità didattica: Lezioni in presenza (totalmente o parzialmente)
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea Magistrale in Scienze statistiche (cod. 8875)
Conoscenze e abilità da conseguire
Al termine del corso, lo studente conosce i principali metodi e strumenti informatici per lanalisi di dati genomici (whole genome sequencing) reperibili da database pubblicamente accessibili. In particolare, lo studente è in grado di: - ottenere dati genomici resi disponibili gratuitamente da progetti scientifici internazionali mediante sito ftp -replicare risultati ottenuti in letteratura a titolo di proof of concept -sviluppare nuovi programmi (scripts in Perl, R ) per la risoluzione di nuove tematiche di ricerca -visualizzare i risultati ottenuti mediante R graphics.
Contenuti
1) Concetti fondamentali di Genomica Umana e principali metodi di analisi.
2) Linux shell e principali comandi bash.
3) Software Plink: formato e manipolazione dati.
4) Analisi di Admixture e statistica f3 (softwares admixture, threepop).
5) Datazione di eventi di Admixture (software Alder)
6) Analisi delle Componenti Principali e Analisi Discriminante delle Componenti Principali applicate a dati genomici (software Eigenstrat e R library adegenet).
7) Esercizi ed applicazioni a case studies.
Testi/Bibliografia
Mark Jobling, Edward Hollox, Toomas Kivisild, Chris Tyler-Smith. Human Evolutionary Genetics (2nd edition). Garland Science, 2013.
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Alessio Boattini