- Docente: Andrea Cavalli
- Crediti formativi: 2
- SSD: CHIM/08
- Lingua di insegnamento: Italiano
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea Magistrale in Biotecnologie farmaceutiche (cod. 8180)
Conoscenze e abilità da conseguire
Al termine del modulo, lo studente possiede conoscenze di base su alcuni metodi e programmi di modellistica molecolare usati nella progettazione di farmaci. In particolare, lo studente: - è in grado di utilizzare alcuni software di modellistica molecolare open source presenti in Internet; - è in grado di costruire modelli computerizzati di piccole molecole organiche; - è in grado di interpretare un modello 3D di complesso ligando/proteina e di usarlo per proporre semplici modificazioni molecolari del ligando.
Contenuti
Il corso sarà costituito da esercitazioni pratiche (tenute in un'aula informatica) durante le quali verranno approfonditi le conoscenze riguardo i seguenti strumenti informatici.
- Banche dati di interesse farmaceutico presenti in Internet.
- Introduzione all'utilizzo di alcuni software di modellistica molecolare di interesse per il Chimico-Farmaceutico: ISIS Draw, RasMol, VMD, ecc.
- Costruzione del modello molecolare di un farmaco. Analisi conformazionale. Applicazione di metodi basati sulla meccanica classica e semiempirici per l'ottimizzazione della geometria della molecola e per il calcolo delle sue cariche elettrostatiche.
- Costruzione del modello tridimensionale di una proteina mediante la tecnica del Comparative Modeling.
- Studio dell'interazione farmaco-recettore mediante l'utilizzo di software di docking.
- Esempi di utilizzo di tecniche computazionali per la progettazione razionale di molecole biologicamente attive.
- I metodi basati sulla Meccanica Quantistica in Chimica Farmaceutica. Studio della coordinata di reazione in sistemi biologici di interesse farmaceutico.
Testi/Bibliografia
- H.D. Hoeltje e G. Folkers, Molecular Modeling, Basic principles and applications, VHC, Second Edition 2003
- A.R. Leach, Molecular Modelling, Principles and Applications, Person Education Limited, 2001
Metodi didattici
Esercitazioni pratiche in laboratorio informatico
Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento
Analisi dettagliata del modo di legame di alcuni farmaci con le proprie controparti biologiche
Strumenti a supporto della didattica
Aula informatica
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Andrea Cavalli