49979 - COMPLEMENTI DI BIOINFORMATICA

Conoscenze e abilità da conseguire

Il corso intende addestrare l'allievo ad utilizzare e a sviluppare tecniche bioinformatiche per l'analisi della struttura e della funzione di macromolecole di interesse biomedico (DNA/RNA e proteine). L'allievo è preliminarmente istruito sui metodi analitici per la determinazione delle sequenze e della struttura di tali macromolecole. Successivamente, sono introdotti i principi fisico-chimici e i metodi matematici-statistici per la predizione/identificazione di caratteristiche e pattern strutturali e funzionali del DNA/RNA e delle proteine. Il corso fornisce anche le nozioni di base per l'analisi automatica dei dati di espressione genica e per l'individuazione di geni correlati a processi patologici. In questo contesto, particolare rilievo verrà dato a specifiche applicazioni di interesse biomedico, come la diagnostica molecolare di malattie poligeniche, l'individuazione di sottoclassi e di nuove tipologie patologiche su basi funzionali e la determinazione di farmaci paziente-specifici.

 

Requisiti richiesti 
Aver seguito i corsi di Bioinformatica L e Biochimica BS. Comprensione della lingua inglese scritta

Contenuti

- Ricerca di patterns e di motivi funzionali

            Misure della sensibilità e della specificità di un motivo;

            Ricerca di patterns e di motivi funzionali in sequenze nucleotidiche e proteiche;

            Tecniche per la predizione di regioni codificanti in sequenze genomiche.

- Analisi strutturale delle proteine

              Ricerche di similarità strutturale ( DALI  SSAP  CE);

              Metodi per la predizione della struttura  secondaria (PHD PSIPRED PREDATOR  JPRED);

            Metodi per la predizione della struttura terziaria (Homology modelling Threading);

            Misura del grado di affidabilità delle predizioni della struttura secondaria;

- Elementi di genomica funzionale

            Metodi per l'analisi dell'interazione proteina-proteina;

            Banche dati di interazioni proteiche;

-Modelli dei processi metabolici

            Reti neurali e reti booeliane

            Automi cellulari e reti di Petri

            Sistemi multiagenti

-Analisi dei patterns di espressione genica

             Algoritmi per il clustering

            Mappe Autoorganizzantesi

            Learning machine

Testi/Bibliografia

D.E. Krane & M.L. Raymer “ Fondamenti di bioinformatica”, Ed. Pearson 2007.

G. Valle et al. "Introduzione alla Bioinformatica", Ed. Zanichelli 2003.

B. Alberts et al. "Biologia Molecolare della Cellula", Ed. Zanichelli 2004.

I testi sono disponibili presso la Biblioteca di Facoltà:
Via Genova, 181
(Ufficio e sala di consultazione)
47023 Cesena (FC)
Tel.+39 0547 339125
Fax +39 0547 339131
Indirizzo Email: francesca.papi@unibo.it

 

Metodi didattici

Insegnamento articolato in moduli e attività didattiche complementari. Attività di Laboratorio; Seminari Specialistici

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

Prova pratica seguita da un colloquio orale.

Strumenti a supporto della didattica

Esercitazioni con Matlab Bioinformatics Toolbox nel Laboratorio di Informatica sede DEIS, via Venezia, 52, 47023 Cesena (FC).

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Silvio Cavalcanti