- Docente: Barbara Mantovani
- Crediti formativi: 5
- SSD: BIO/05
- Lingua di insegnamento: Inglese
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea Specialistica in Bioinformatica (cod. 0443)
Conoscenze e abilità da conseguire
Capacità di trattazione dei dati di variabilità molecolare (DNA) con l'utilizzo dei principali pacchetti informatici
Contenuti
Mutazioni. Siti polimorfici e siti parsimoniosi. Metodi di calcolo delle distanze genetiche basate sulle sostituzioni. ModelTest e la scelta del modello di sostituzione. Il metodo del bootstrap per il calcolo dell'errore standard (MEGA 3). Selezione, deriva genetica, deriva molecolare e teorie neutrali: geni codificanti, non codificanti e ripetuti. Gli effetti sull'inferenza filogenetica. Visualizzazioni grafiche delle distanze genetiche: alberi filogenetici e reti. Alberi radicati e non: l'importanza della polarizzazione. Il metodo del Neighbor Joining. Il metodo del bootstrap e del jacknife per il supporto statistico. Il metodo della Massima Parsimonia: alberi egualmente parsimoniosi e alberi di consenso. Filogeografia, Reti di Parsimonia e le chiavi di lettura (TCS). Il metodo del Maximum Likelihood. Confronti tra topologie: forzature degli alberi e metodo Crandall & Fitzpatrick; il test di Shimodaira-Hasegawa. (PHYLIP e PAUP*) Orologi molecolari: forzature del tasso di mutazione: il two cluster test, il branch length test ed il confronto del –ln Likelihood. Problemi di calibrazione Il metodo di Bayes: le probabilità a posteriori. (MRBAYES)
Testi/Bibliografia
da concordare
Metodi didattici
lezioni in lab. informatico
Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento
esame orale
Strumenti a supporto della didattica
laboratorio informatico
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Barbara Mantovani