- Docente: Alessio Boattini
- Crediti formativi: 6
- SSD: BIO/08
- Lingua di insegnamento: Inglese
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza
- Campus: Bologna
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Corso:
Laurea Magistrale in
Scienze statistiche (cod. 8875)
Valido anche per Laurea Magistrale in Statistical sciences (cod. 9222)
Conoscenze e abilità da conseguire
Al termine del corso, lo studente conosce i principali metodi e strumenti informatici per lanalisi di dati genomici (whole genome sequencing) reperibili da database pubblicamente accessibili. In particolare, lo studente è in grado di: - ottenere dati genomici resi disponibili gratuitamente da progetti scientifici internazionali mediante sito ftp -replicare risultati ottenuti in letteratura a titolo di proof of concept -sviluppare nuovi programmi (scripts in Perl, R ) per la risoluzione di nuove tematiche di ricerca -visualizzare i risultati ottenuti mediante R graphics.
Contenuti
1. Human genomics: basic concepts
2. Methodological overview
3. Useful shell commands
4. Plink software: format and data manipulation
7. Eigenstrat: Principal Component Analysis applied to genomic data
8. DAPC: Discriminant Analysis of Principal Components applied to genomic data
5. Admixture software: searching for admixture events
6. Threepop software: testing for admixture events
9. Alder: dating admixture events
10. Replication of selected studies from literature
Testi/Bibliografia
Jobling M, Hollox E, Kivisild T & Tyler-Smith C. 2013. Human evolutionary genetics (2nd ed.), Garland Science.
Metodi didattici
The course is characterized by a marked practical approach. Explanations of the theoretical aspects will be limited to the minimum necessary. On the contrary, students are encouraged to perform 'live' analyses on 'real' datasets and to interpret the obtained results in light of the most recent advances in molecular anthropology/human population genetics.
Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento
The final examination will consist of a practical part, i.e. analysis of human genomic data with the aim to understand/interpret some aspects of the genetic/genomic history of the considered populations/individuals, and of an oral part in which the obtained results will be thoroughly discussed and evaluated.
Strumenti a supporto della didattica
All lessons will be held in a computer laboratory equipped with Linux machines. Slides/tutorials will be supplied to the students during the course.
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Alessio Boattini