85306 - PROTEOMES, INTERACTOMES AND BIOLOGICAL NETWORKS

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente possiede le conoscenze di base e le tecniche sperimentali per analizzare su larga scala proteine espresse in sistemi biologici e per definire le loro interazioni. Lo studente ha familiarità con le banche dati pubblicamente disponibili riguardanti collezioni di dati di proteomica e interattomica. Egli conosce anche come rappresentare e analizzare la complessità strutturale di interazioni utilizzando la teoria dei Network.

Contenuti

Theoretical Session (4 CFU):

1. Protein sequence and structure
2. Amino acids properties and propensities
3. Protein complexes and interactions
4. Reference databases of protein sequence and structure
5. Types of macromolecular interactions
6. Protein and gene interaction databases
7. Principles of graph theory
8. Analysis of biological networks

Practical Part (2 CFU):

1. Bash scripting and Python programming
2. Information retrieval in web available databases
3. Analysis of protein structure and protein-protein complexes
4. Analysis and visualization of biological networks

Testi/Bibliografia

Slides, selected articles and reviews will be made available in online

Metodi didattici

Lectures, practicum and script implementation

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

Before attending the final oral exam, the student has to provide the written report on the practical project. For the exam, the student is expected to answer questions about the project and all the main topics of the course.

Strumenti a supporto della didattica

Online, Public Data Bases, PubMed, and materials (pdf of the lectures and selected articles) on a personal webpage. A Linux virtual machine is used during the lectures and the practical sessions. Students are encouraged to use their personal laptop.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Emidio Capriotti