B5791 - MOLECULAR PHYLOGENETICS

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso lo studente, partendo dalla conoscenza dei meccanismi dell'evoluzione molecolare, sarà addestrato allo studio dell'inferenza filogenetica e sarà in grado di ricostruire alberi filogenetici basati su diversi marcatori molecolari, applicando lo stato dell'arte degli strumenti bioinformatici del settore. In particolare, lo studente acquisirà le basi della filogenomica e analizzerà casi di studio in filogenetica e filogenomica.

Contenuti

• inferenza di ortologia e scelta dei taxa
• allineamento e filtraggio delle sequenze
• interpretazione e confronto degli alberi filogenetici
• algoritmi di inferenza basati sulle distanze o sui caratteri
• modelli MK di evoluzione molecolare
• maximum likelihood
• bayesian inference
• mixture models
• supporto statistico nelle filogenesi
• inferenze basate sulla concatenazione versus sulla coalescenza
• correzione e riconciliazione di gene-trees sullo species-tree
• bias stocastici e sistematici
• analisi dei tempi di divergenza
• modellazione dell'evoluzione dei tratti continui su filogenesi
• modellazione dell'evoluzione dei tratti discreti su filogenesii
• inferenze di selezione mediante codon models
• implementazione della filogenesi in pipeline di bioinformatica

Testi/Bibliografia

nsieme ai paper che discuteremo durante il corso, questi libri gratuiti sono altamente consigliati :

• Phylogenetic Comparative Methods: Learning From Trees [https://lukejharmon.github.io/pcm/] di Luke Harmon
  

• Phylogenetic Biology [https://dunnlab.org/phylogenetic_biology/] by Casey W. Dunn

Metodi didattici

Ogni lezione sarà composta da una spiegazione teorica seguita da esercitazioni pratiche.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

La verifica e valutazione dell'apprendimento consisterà in un esame scritto, composto da domande a crocette e domande aperte.

Studenti/sse con DSA o disabilità temporanee o permanenti: si raccomanda di contattare per tempo l’Ufficio di Ateneo competente (https://site.unibo.it/studenti-con-disabilita-e-dsa/it). Sarà sua cura proporre agli/lle studenti/sse interessati/e eventuali adattamenti, che dovranno comunque essere sottoposti, con almeno 15 giorni di anticipo, all’approvazione del/della docente, il/la quale ne valuterà l'opportunità anche in relazione agli obiettivi formativi dell’insegnamento.

Strumenti a supporto della didattica

Saranno rese disponibi:

• le slides utilizzate durante le lezioni frontali su virtuale
• i materiali per le esercitazioni pratiche su GitHub

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Giobbe Forni