B5786 - BIOMEDICAL DATA BASES

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente acquisisce competenze nella progettazione, nell'implementazione e nella cura di banche dati. Lo studente sarà inoltre istruito sulle principali banche dati pubbliche di carattere biologico e medico e su come recuperare ed estrarre informazioni per la risoluzione di problemi. Verranno inoltre utilizzati i principali strumenti accessibili da specifiche banche dati per facilitare il reperimento delle informazioni e l'analisi dei dati.

Contenuti

Module 1 (3 CFU, 24 ore, docente: Prof. M. Paola Turina)

- Introduzione generale alle basi di dati biomediche.

- Panoramica su PubMed, UniProt, PDB, GenBank, Ensembl. Esempi di richiamo di informazioni da queste basi di dati. 

Module 2 (3 CFU, 24 ore, docente: Prof. Davide Salomoni)

- Introduzione alle basi di dati; struttura, contenuto, caratteristiche generali

- Basi di dati relazionali

- Basi di dati non-relazionali (comprese le basi di dati chiave-valore e a grafo)

- Inserimento a flusso di dati biologici nelle basi di dati

- Come interagire programmaticamente con le basi di dati: richiamo dei dati, annotazione e analisi

- Creare una propria base di dati

Testi/Bibliografia

Contenuti online e altre letture suggerite verranno indicati durante il corso. 

Metodi didattici

Lezioni frontali e attività pratiche.

Dato il tipo di attività e di metodi didattici, seguire il presente corso richiede la preliminare partecipazione di tutti gli studenti ai seguenti  Modules 1 and 2 in modalità e-learning:

Module 1 – Safety General Training

Module 2 – Safety Specific Training 

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

Un test scritto e una discussione orale.

Studenti/sse con DSA o disabilità temporanee o permanenti: si raccomanda di contattare per tempo l’Ufficio di Ateneo competente (https://site.unibo.it/studenti-con-disabilita-e-dsa/it ). Sarà sua cura proporre agli/lle studenti/sse interessati/e eventuali adattamenti, che dovranno comunque essere sottoposti, con almeno 15 giorni di anticipo, all’approvazione del/della docente, il/la quale ne valuterà l'opportunità anche in relazione agli obiettivi formativi dell’insegnamento.

Strumenti a supporto della didattica

Le diapositive di tutte le lezioni e delle sessioni pratiche saranno disponibili su virtuale.unibo.it

 

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Maria Paola Turina

Consulta il sito web di Davide Salomoni