85301 - ALGORITHMS AND DATA STRUCTURES IN BIOLOGY

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente ha familiarità con il processo di ideazione e di analisi di algoritmi corretti ed efficienti e delle strutture-dati. Nello specifico lo studente possiede conoscenze di base sugli algoritmi e le strutture-dati. Lo studente sarà poi in grado di ideare algoritmi corretti ed efficienti per il loro impiego nei problemi computazionali applicati alla biologia e per analizzare le strutture-dati e gli algoritmi già esistenti.

Contenuti

• Concetti di algoritmo e di complessità computazionale: definizione di algoritmo, algoritmi ricorsivi ed iterativi, notazione asintotica.
• Algoritmi di ricerca esaustiva: restriction mapping, motif finding.
• Algoritmi greedy: sorting by reversals, algoritmi approssimati.
• Programmazione dinamica: edit distance, Manhattan distance.
• La tecnica Divide and Conquer.

Testi/Bibliografia

Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004.

Metodi didattici

Lezioni frontali; Esercitazioni pratiche in laboratorio.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

L'esame consiste in una prova scritta ed una prova orale opzionale. Queste attività mirano a verificare che lo studente abbia acquisito la necessaria dimestichezza nel progetto di algoritmi, oltre che le conoscenze teoriche di base.

 

Studenti/sse con DSA o disabilità temporanee o permanenti: si raccomanda di contattare per tempo l’Ufficio di Ateneo competente (https://site.unibo.it/studenti-con-disabilita-e-dsa/it). Sarà sua cura proporre agli/lle studenti/sse interessati/e eventuali adattamenti, che dovranno comunque essere sottoposti, con almeno 15 giorni di anticipo, all’approvazione del/della docente, il/la quale ne valuterà l'opportunità anche in relazione agli obiettivi formativi dell’insegnamento.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Enrico Malizia