72848 - MOLECULAR PHYLOGENETICS

Conoscenze e abilità da conseguire

At the end of the course the student, starting from the knowledge of the mechanisms of molecular evolution, will be trained in the study of phylogenetic inference and will be able to reconstruct phylogenetic trees based on several molecular markers, applying the State-of-the-Art bioinformatic tools in the field. In particular the student will acquire the basics of phylogenomics and will analyze case studies in phylogenetics and phylogenomics.

Contenuti

• Allineamento sequenze
  
• Bootstrap
• Distanze genetiche
• UPGMA, Neighbor Joining
• Modelli di evoluzione molecolare
• Massima Parsimonia
• Maximum Likelihood
• Inferenza Bayesiana
• Networks
• Interpretare un'albero filogenetico
• Alberi ultrametrici
• Esempi di inferenza filogenetica: casi di studio.
  

Testi/Bibliografia

Non sono disponibili testi specifici. Lo studente potrà prepararsi grazie al materiale fornito dal docente (diapositive, articoli scientifici).

Metodi didattici

Lezioni frontale ed esercitazioni al computer.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

L'esame di fine corso mira a valutare il raggiungimento degli obiettivi didattici:

• capacità di allineare ed analizzare sequenze di DNA a fini filogenetici;
• comprensione delle basi teoriche dei metodi di inferenza filogenetica e filogenomica;
• capacità di utilizzare i più comuni software di inferenza filogenetica.

Il voto finale viene definito mediante esame scritto ed orale.

Strumenti a supporto della didattica

Lezioni frontali, con presentazioni powerpoint, ed esercitazioni al computer.
Saranno messi a disposizione degli studenti tutto il materiale didattico, i file e i tutorial utilizzati.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Andrea Luchetti