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85306 - PROTEOMES, INTERACTOMES AND BIOLOGICAL NETWORKS

Anno Accademico 2022/2023

                
                        Docente:
                        Emidio Capriotti
                    
                        Crediti formativi:
                        6
                    
                        SSD:
                        BIO/10
                    
                        Lingua di insegnamento:
                        Inglese
                    
                        Moduli:
                        
                            Emidio Capriotti
                            (Modulo 3)
                        
                            Luana Licata
                            (Modulo 1)
                        
                            Giulia Babbi
                            (Modulo 2)
                        
                        Modalità didattica:
                        
                                    In presenza e a distanza - Blended Learning (Modulo 3)
                                
                                    Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 1)
                                
                                    Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 2)
                                
                            Campus:
                            Bologna
                        
                            Corso:
                            Laurea in
                            Genomics (cod. 9211)

                            Risorse didattiche su Virtuale

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente possiede le conoscenze di base e le tecniche sperimentali per analizzare su larga scala proteine espresse in sistemi biologici e per definire le loro interazioni. Lo studente ha familiarità con le banche dati pubblicamente disponibili riguardanti collezioni di dati di proteomica e interattomica. Egli conosce anche come rappresentare e analizzare la complessità strutturale di interazioni utilizzando la teoria dei Network.

Contenuti

Theoretical Session (4 CFU):

Protein sequence and structure
Amino acids properties and propensities
Protein complexes and interactions
Reference databases of protein sequence and structure
Types of macromolecular interactions
Protein and gene interaction databases
Proteomics databases
Functional enrichment
Information retrieval in web-available databases
Principles of graph theory

Practical Part (2 CFU):

Files and formats for handling proteins and networks
Analysis and visualization of protein structure and protein-protein complexes
Analysis and visualization of biological networks
Tools for proteomics and interactomics

Testi/Bibliografia

Slides, selected articles and reviews will be made available in online

Metodi didattici

Lectures, practicum and script implementation

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

Before attending the final oral exam, the student has to provide the written report on the practical project. For the exam, the student is expected to answer questions about the project and all the main topics of the course.

Strumenti a supporto della didattica

Online, Public Data Bases, PubMed, and materials (pdf of the lectures and selected articles) on a personal webpage. A Linux virtual machine is used during the lectures and the practical sessions. Students are encouraged to use their personal laptop.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Emidio Capriotti

Consulta il sito web di Luana Licata

Consulta il sito web di Giulia Babbi