82311 - BIOCHIMICA DELLE PROTEINE

Scheda insegnamento

Anno Accademico 2022/2023

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del modulo, lo studente conosce i meccanismi di produzione di energia per via fotosintetica, i principali sistemi che producono movimento in cellule, la regolazione del ciclo cellulare, i principali meccanismi di trasduzione del segnale e i meccanismi alla base della bioluminescenza.

Contenuti

MODULO 1 (Prof. Natalia Calonghi))

Il modulo di 6 CFU di didattica frontale comprende i seguenti argomenti:

  • Gli aminoacidi: loro struttura; proprietà chimiche; proprietà acido base.
  • Formazione del legame peptidico: struttura primaria delle proteine
  • Struttura secondaria delle proteine: angoli diedri (phi; psi; omega; chi) e loro rappresentazione (diagramma di Ramachandran).
    • Struttura ad elica (alfa-elica, elica pi-greco ed elica 3-10) e loro classificazioni geometriche e strutturali
  • Struttura terziaria delle proteine e classificazione in motivi e domini
  • Struttura quaternaria delle proteine con alcuni esempi strutturali
  • Trasduzione del segnale
    • G-Protein Coupled Receptors: Classificazione e struttura generale di GPCR; struttura dell'eterotrimero
    • G-proteins; interazione ligando-recettore; attività GTPasica; bersaglio molecolare delle subunità;
    • ProteinKinasiC Adenilato ciclasi
    • Recettori con attività tirosin kinasica intrinseca - Sos-Ras-Raf
    • Citochine e loro recettori
    • Ormoni steroidei e loro recettori
  • Ciclo cellulare
    • Regolazione CDK-cicline (pRb) e loro interfaccia con i meccanismi di trasduzione del segnale
    • Struttura dei complessi CDK-ciclina e interazione con E2F
    • Regolazione attraverso INK4 (p16, p15, p18 e p19) e CIP/KIP (p21, p27 e p57)

 

MODULO 2 (Prof. Francesco Francia): Il modulo di 2 CFU per un totale di 30 ore di laboratorio informatico sarà articolato nelle seguenti esercitazioni (4 ore ciascuna):

  • Apprendimento del programma RasTop
  • Esercitazione su Cicline e recettori EGFR
  • Esercitazione sul sistema JAK-STAT
  • Esercitazione su canali ionici di membrana
  • Esercitazione su Actina e Miosina
  • Esercitazione sulla Calcio ATPasi
  • Esercitazione sulle Chinesine

Testi/Bibliografia

MODULO 1

Biochimica di Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer - Zanichelli
Struttura e funzione delle proteine Gregory A Petsko, Dagmar Ringe - Zanichelli
Materiale fornito dal Docente disponibile on-line [http://www.gsartor.org/pro/didattica/materiale_bt.html]

MODULO 2

Il materiale necessario (guida all’uso del programma RasTop, file PDB necessari per visualizzare i modelli di proteine) sarà fornito dal docente.

Metodi didattici

MODULO 1: Lezione frontale con accesso a pubblicazioni per la preparazione della presentazione.

MODULO 2: Lezioni introduttive in PowerPoint ed esercitazioni pratiche al computer, seguendo delle schede di guida all’esercitazione fornite dal docente.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

MODULO 1

La valutazione finale è volta a definire il conseguimento dei seguenti obiettivi formativi:

- Conoscenza approfondita della struttura delle proteine

- Conoscere i processi:

  • dei principali sistemi che producono movimento in cellule,
  • della regolazione del ciclo cellulare,
  • dei principali meccanismi di trasduzione del segnale

- Capacità di applicare quanto appreso ad un caso proposto dal Docente

- Capacità di comunicare attraverso la preparazione di una presentazione da parte dello Studente (max 10 slides), in formato elettronico, su un argomento del programma a cui fa seguito una discussione nel merito.

La valutazione verrà fatta sulla qualità della presentazione e sulla capacità di discutere un argomento del programma.

MODULO 2: Al termine delle esercitazioni, nella prima finestra utile, l’apprendimento degli argomenti trattati durante le esercitazioni verrà verificato da una prova scritta a risposta multipla. Il punteggio assegnato andrà da 0 a 5 punti e sarà sommato al punteggio ottenuto nel modulo di Biochimica delle Proteine. Tale punteggio sarà considerato valido per un anno solare. Lo studente potrà in sede di esame migliorare il suo punteggio con una prova orale, da tenersi nelle stesse date di appello del modulo di Biochimica delle Proteine. Lo studente potrà decidere di non partecipare alla prova scritta. In tal caso la verifica sarà solo tramite esame orale.

Strumenti a supporto della didattica

MODULO 1: Materiale didattico (Presentazioni utilizzate a lezione) e accesso al sito per il reperimento di pubblicazioni scientifiche utili alla preparazione della presentazione.

MODULO 2: Laboratorio informatico, guida all’uso del programma RasTop fornita dal docente, lezioni introduttive alle esercitazioni in PowerPoint, file PDB. Tutto il materiale potrà essere scaricato dagli studenti sui propri supporti informatici direttamente in aula esercitazioni o tramite link al sito di Insegnamenti online-IOL.

  • Insegnamenti online - IOL [https://iol.unibo.it/course/view.php?id=40707]

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Natalia Calonghi

Consulta il sito web di Francesco Francia