Abstract
La neurofibromatosi di tipo 1 (NF1) è una malattia neurocutanea di predisposizione oncologica con un’incidenza alla nascita di 1:3500, causata da mutazioni inattivanti il gene NF1, che codifica per una proteina responsabile della regolazione negativa delle proteine Ras. Attualmente, circa il 10-15% dei pazienti che soddisfano i criteri clinici diagnostici per NF1 non riceve una conferma tramite i test genetici standard. Il tasso diagnostico può essere migliorato fino a oltre il 95% se si applicano tecniche complementari a livello dell’RNA, utili per identificare varianti introniche che generalmente non vengono rilevate con i test di routine. In questo contesto, il nostro obiettivo sarà migliorare la diagnosi molecolare: 1. Nei pazienti con test genetico standard negativo, combinando l’analisi RNA-seq per lo studio dei trascritti con il sequenziamento “long-read”, al fine di identificare riarrangiamenti strutturali (ampie delezioni/inserzioni, traslocazioni e trascritti di fusione); 2. Nei pazienti con NF1 segmentale, che presentano manifestazioni cliniche localizzate a uno o pochi segmenti corporei: in questi casi verranno analizzati diversi tessuti (tampone buccale e biopsie delle macchie "café-au-lait" o di neurofibromi multipli) e DNA libero circolante (cfDNA) nel plasma mediante ultra-deep amplicon sequencing, per rilevare varianti patogenetiche a basse frequenze. La principale causa di mortalità nei pazienti con NF1 è lo sviluppo del tumore maligno della guaina dei nervi periferici (MPNST), un sarcoma aggressivo dei tessuti molli, che origina in genere dal suo precursore benigno, il neurofibroma plessiforme (PN). La trasformazione da PN a MPNST è di difficile diagnosi a causa della difficoltà di interpretazione delle immagini radiologiche e dell’eterogeneità intralesionale, che può portare a errori di campionamento nelle biopsie. Sebbene studi precedenti abbiano identificato geni associati alla patogenesi del MPNST (come CDKN2, PRC2, TP53, BRAF), non è ancora chiaro quali siano gli eventi molecolari chiave che guidano l’evoluzione del MPNST a partire dal PN e che potrebbero essere monitorati come biomarcatori innovativi nel cfDNA plasmatico. In questo progetto verrà eseguito il sequenziamento dell’esoma (WES) su campioni bioptici somatici provenienti da PN e da MPNST dello stesso paziente al fine di identificare nuove mutazioni driver alla base della trasformazione maligna. Inoltre, considerando l’accumulo di varianti nei geni regolatori della cromatina verrà utilizzata una firma epigenetica diagnostica basata sulla metilazione del DNA per caratterizzare i diversi stadi tumorali e il grado di malignità. In una coorte aggiuntiva verranno raccolti campioni di plasma per valutare se le varianti genetiche associate alla trasformazione maligna possano essere rilevate anche nel cfDNA dello stesso paziente, configurando un possibile strumento di diagnosi personalizzata e monitoraggio precoce della malattia.
Project details
Unibo Team Leader: Alessandro Vaisfeld
Unibo involved Department/s:
Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche
Coordinator:
Università degli Studi di PAVIA(Italy)
Total Unibo Contribution: Euro (EUR) 5.860,00
Project Duration in months: 24
Start Date:
30/11/2023
End Date:
28/02/2026
