Antonella Carbonaro

Proposta tesi di laurea

Argomento tesi:

DS4H Image Alignment tool: algoritmi per allineamento automatico di immagini 2D con estensione dei tool competitor e possibilità di correzioni elastiche.

Descrizione tesi:

Molti degli studi sul cancro iniziano con l'analisi di campioni istologici, cioè campioni di tessuto prelevati dal paziente. Attraverso l'uso di marcatori specifici, ovvero coloranti selettivi applicati alla sezione da analizzare, vengono studiate parti specifiche del campione ed ottenute più informazioni dal campione stesso. Tuttavia, questi marcatori non possono sempre essere applicati contemporaneamente e spesso vengono utilizzati in sequenza dopo un lavaggio del campione. Per poter condurre studi di colocalizzazione, le immagini ottenute devono quindi essere allineate simulando l'acquisizione parallela dei diversi segnali. Purtroppo, non esiste una procedura standard per l'allineamento di queste immagini e l'allineamento manuale richiede tempo ed è soggetto a possibili errori. L'utilizzo di un software potrebbe rendere il processo più rapido e affidabile. In particolare, DS4H Image Alignment è un plug-in open-source, user-friendly scritto in Java ed implementato per ImageJ/Fiji che permette di allineare immagini multimodali tenendo conto anche di eventuali deformazioni elastiche.

Output tesi:

In questo progetto di tesi si vogliono estendere gli algoritmi di registrazione automatica implementati in DS4H Image Alignment, aggiungendo anche modelli per la registrazione elastica delle immagini acquisite.

Capacità pregresse richieste:

1: Utilizzatore esperto MAC;

2: Capacità di programmazione in Java.

Supervisori:

Prof.ssa Antonella Carbonaro (antonella.carbonaro@unibo.it) e Dr. Filippo Piccinini (f.piccinini@unibo.it)

Published on: September 29 2023