Al centro della attività di ricerca scientifica del Prof. Francesco Ceccarelli è lo studio della architettura e della città italiana di età moderna, dal Rinascimento al Neoclassicismo. Attuali filoni di ricerca sono:
1) Architettura e urbanistica a Bologna tra medioevo ed età moderna
E'in corso uno studio monografico sulla architettura del portico a Bologna durante l'età moderna come approfondimento degli articoli già pubblicati sull'argomento
E'membro del comitato scientifico e organizzatore di un convegno sulla architettura del Quattrocento a Bologna
2) Architettura e urbanistica a Ferrara nel Rinascimento
E'in corso di pubblicazione un volume sulla storia dell'architettura a Ferrara nel corso del XVI secolo.
3) Architettura neoclassica a Bologna
E'in via di completamento una monografia sull'architettura a Bologna durante l'età napoleonica.
4) Ville Bolognesi del Rinascimento
E' in corso uno studio monografico sulle ville bentivolesche nel contado bolognese.
5) Architettura, città e infrastrutture idrauliche
E' capo progetto di una ricerca, finanziata da Genus Bononiae e dal Consorzio della Chiusa di Casalecchio, sull'acquedotto cinquecentesco di Bologna che alimentava la Fontana del Nettuno.
ha in corso un progetto di ricerca sullo studio dell'VIII libro del De Architectura di Vitruvio sulla relazione tra architettura e acque.
6) Città dipinte nella cartografia europea di età moderna
E' impegnato in un progetto di ricerca sui cicli murari affrescati a soggetto urbano tra l'Italia e la Francia
7) Rappresentazione urbana e "musei della città".
E'impegnato in una analisi comparativa sulla esperienza della narrazione della città del Rinascimento italiano in alcuni "musei della città" di recente istituzione.
