La ricerca in ambito teorico-teorico computazionale si focalizza
nei seguenti settori:
Bioinformatica: l'approccio è quello di generare, curare e
implementare varie basi di dati utilizzando ciò che è disponibile
nelle banche dati di strutture e di sequenze pubbliche. In
particolare le piattaforme implementate dal gruppo di Biocomuting
sono reperibili al sito www.biocomp.unibo.it. Il sistema più
recente è costituito da un metodo di annotazione di sequenze
proteiche che integra e valida in modo statistico conoscenze che
derivano da UniProtKB, PDB, Pfam e GO.
Protein folding: utilizzando informazioni di tipo
strutturale si generano metodi computazionali in grado di fornire
modelli di vario tipo e annotazioni su basi strutturali di proteine
incognite a vario livello di descrizione.
Analisi di sequenze: lo scopo è mediante modelli che
generalizzano sulle informazioni nelle banche dati trovare motivi
strutturali e/o funzionali utili ai processi di annotazione su
larga scala implementati in piattaforme Localizzazione
subcellulare: a partire dalla sequenza lo scopo è di determinare il
compartimento cellulare a cui la proteina è destinata e quindi
determinarne la funzione Machine learning: lo scopo è la
generazione di metodi di apprendimento automatico in grado di
mettere in relazione caratteristiche strutturali/funzionali con
determinati pattern di sequenze.
Analisi di dati derivati da esperimenti di Next Generation
Sequencing: in questo settore la ricerca è focalizzata sul "de
novo assembly" di dati genomici, sulla annotazione di dati esomici,
di mutazioni puntiformi e sulla implementazione di piattaforme che
consentano una rapida analisi dei dati di sequenziamento. La
recente acquisizione da parte del gruppo di un Ion Torrent in
collaborazione con il centro di Genome Biology
(www.biocomp.unibo.it/centregenomebio) consente anche una
validazione diretta dei tool implementati su dati sperimentali.
Tools mantenuti in rete da Gruppo di Biocomputing e descritti in
letteratura:
-
BaCelLo
- Balanced subCellular Localization predictor
-
BAR+
- Bologna Annotation Resource
-
BetAware
- Detection of Prokaryotic outer-membrane betabarrel
proteins
-
CCHMM
- Predictor of Coiled-Coils Regions in Proteins
-
CCHMMPROF
- Predictor of Coiled-Coils Regions in Proteins exploiting
evolutionary information
-
CORNET
- Predictor of Residue Contacts in Proteins
-
DCON
- Predictor of Disulfide Connectivity in Proteins
-
DisLocate
- Find Disulfide bonds in Eukaryotes with predicted subcellular
Localization
-
FT-COMAR
- Fault Tolerance Reconstruction of 3D Structure from Protein
Contact Maps
-
HIPPIE
- Protease Inhibitor engine
-
I-MUTANT
- Neural Network based Predictor of Protein stability Changes upon
Single Point Mutation from the Protein Structure
-
I-MUTANT
2.0
- Support Vector Machines based Predictor of
Protein stability Changes upon Single Point Mutation from the
Protein Sequence and Structure
-
I-MUTANT
Suite
- Support Vector Machines based Predictor of
Protein stability Changes upon Single Point Mutation from the
Protein Sequence and Structure (three states) and of human
Deleterious Single Nucleotide Polymorphysms
-
ISPRED
- Predictor of Protein Interaction Sites
-
K-Fold
- Predictor of the Protein Folding Mechanism and Rate
·
MemLoci
- Subcellular Localization Predictor for Membrane
Proteins
-
MemPype
- A pipeline for predicting the topology and the localization of
membrane proteins
-
PhD-SNP
- Support Vector Machines based Predictor of human Deleterious
Single Nucleotide Polymorphysms
-
PredGPI
- Predictor of GPI-Anchored Proteins
-
SNPs&GO
- Predictor of Human Disease-related Mutations in Proteins with
Functional Annotations
-
SPEPLip
- Predictor of Signal Peptide and Lipoprotein Cleavage Sites in
Proteins
-
YAP
- Yet Another Alignment Program (Pairwise Sequence Alignment Using
Secondary Structures)
Application Servers
-
TRAMPLE
: the transmembrane protein labelling environment
-
PONGO
: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane
proteins
Databases
-
eSLDB
- eukaryotic Subcellular Localization DataBase
-
ZenPatches
- Database of predicted protein interaction sites
-
DBMFHS
- Data Base of Minimally-Frustrated Helical Segments
