Argomenti di tesi proposti dal docente.
É disponibile un posto per il tirocinio/preparazione della tesi a Bologna (via Fanin 40), sotto la supervisione della Prof.ssa Barbara Zambelli, sui progetti sotto elencati. In aggiunta, altri posti di tirocinio sono disponibili presso collaborazioni esterne.
1) Caratteristiche biofisiche delle interazioni di NDRG1, una proteina coinvolta nel cancro al polmone causato da nichel
(numero di posti disponibili 1, inizio attività marzo 2027)
Il ruolo del nichel come cofattore in enzimi e fattori di patogenicità batterici è ben noto. Tuttavia, nell’uomo il ruolo di questo metallo, microelemento della dieta, è poco chiaro. A oggi, non si conoscono enzimi umani contenenti nichel, e si pensa che il ruolo del nichel per l’uomo sia correlato alla presenza di nichel-enzimi nel microbiota intestinale. Di contro, un eccesso di nichel può effetti negativi per l’uomo, quali l’induzione di carcinogenesi e l’allergia. Il progetto si propone di caratterizzare la regione disordinata della proteina NDRG1, che è coinvolta negli effetti patologici del nichel, per individuare nuovi target farmacologici per la cura e la prevenzione del tumore. NDRG1, i suoi mutanti e i suoi partner proteici saranno prodotti per via ricombinante, purificati, e la loro struttura secondaria, terziaria e quaternaria sarà valutata con tecniche spettroscopiche e di scattering della luce. L’interazione delle proteine con partner specifici o cofattori sarà studiata con calorimetria.
Progetti di tesi presso collaboratori esterni:
Dr. Elisabetta MILEO Laboratoire de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (BIP), Marsiglia (Francia)
1 posto da marzo 2027
In cell EPR: a powerful approach to study proteins dynamics inside cells.
The interior of living cells is extremely concentrated and complex; in living cells, proteins function in an environment wherein they specifically interact with other proteins, nucleic acids, ligands and cofactors, and are subjected to an extreme “macromolecular crowding”. It is now appreciated that the biophysical properties of proteins inside cells are modulated by the “supercrowded”, heterogeneous cytoplasm.
In our laboratory we develop an innovative approach based on Site-Directed Spin Labeling (SDSL) combined with Electron Paramagnetic Resonance (EPR) spectroscopy to investigate and understand proteins structural dynamics at the molecular level inside cells.
The first step of the project will be the development of a protocol to deliver nitroxide-labeled proteins inside bacterial cells. Once the delivery of labelled protein inside cells optimized, in order to gain more insights on the influence of the cellular context on intermolecular binding events, the student will focus on the delivery of the protein of interest inside bacterial cell in which the partner protein has been overexpressed.
