Anna Maria Ghelli

Proposta di tesi in collaborazione con il Prof. Francesco Musiani del Dipartimento di Farmacia e Biotencologie dell’Università di Bologna.

Studio computazionale del sito d’interazione del chinone e dei suoi inibitori nel Complesso I della catena respiratoria

Il complesso I (NADH:ubichinone ossido reduttasi) è il primo e principale enzima della catena respiratoria che accoppia il trasferimento di elettroni dal NADH al coenzima Q, con la traslocazione di protoni attraverso la membrana, per formare la forza proton-motrice necessaria per la sintesi di ATP. Attualmente sono disponibili informazioni sulla struttura del complesso I di diversi organismi procarioti ed eucarioti derivate dalla cristallografia a raggi X e dalla microscopia crio-elettronica. Tuttavia, non si conosce ancora bene il meccanismo di riduzione del coenzima Q che è associato all’innesco del processo di trasporto protonico. L’utilizzo di inibitori specifici che agiscono nel sito di legame del coenzima Q è molto utile per ottenere nuove informazioni sia di tipo strutturale che funzionale di questo sito. Il progetto di tesi proposto ha lo scopo di utilizzare tecniche computazionali quali modellizzazione per omologia e riconoscimento molecolare (docking) per elaborare modelli di interazione inibitori/sito di legame e identificare i possibili siti di legame e gli aminoacidi coinvolti per capire meglio il meccanismo dell’enzima e l’interazione con molecole che attualmente sono allo studio anche come farmaci antitumorali e pesticidi.