L'attività scientifica di Annafelicia Zuffrano si articola nei due filoni della Paleografia latina e della Diplomatica.
In ambito paleografico ha studiato le scritture documentarie italiane del IX secolo di area centro-settentrionale; diversi frammenti di codici manoscritti riutilizzati in legatura, fra cui alcuni testimoni del Liber Glossarum e un prezioso palinsesto goto-latino del de Civitate Dei di s. Agostino (VII sec.); gli estimi in volgare bolognese di fine Duecento. Attualmente, in un'ottica più improntata alla catalogazione e alla valorizzazione, si occupa dei codici manoscritti latini appartenuti a papa Benedetto XIV e conservati presso la Biblioteca Universitaria di Bologna.
Nell'ambito più strettamente diplomatistico rientrano le edizioni critiche dei documenti del IX secolo degli archivi di Milano, Firenze, Arezzo e Reggio Emilia pubblicate nella collana delle Chartae Latinae Antiquiores; gli studi sul notariato bolognese, con speciale riguardo alla documentazione risalente al XII secolo; la recente edizione del dossier testamentario di Teodorico Borgognoni, infine la partecipazione al censimento dei cartulari ecclesiastici dell’Emilia Romagna, nell’ambito del progetto Les cartulaires ecclésiastiques de l'Italie médiévale promosso dall'École française de Rome.
