Dissertation topics suggested by the teacher.
CURRENTLY AVAILABLE MASTER'S DEGREE THESIS AT GenoDREAM LAB
The proposed thesis topics will be dealing with different approaches and analysis techniques using standard molecular markers as well as “omic” data derived from Next Generation Sequencing platforms. Thus, the use of basic computational skills and attitude for executing software for genetic data analysis and bioinformatics scripting will be requested to accomplish the thesis projects.
Population genomics and traceability of marine fish [http://www.bigea.unibo.it/en/research/population-genomics-and-traceability-of-marine-fish]
Evolution, systematics and conservation of cartilaginous fish [http://www.bigea.unibo.it/en/research/evolution-systematics-and-conservation-of-cartilaginous-fish]
Topic: Connectivity in a deep-water fish over large distance: phylogeographic assessment of Pagellus bogaraveo in Mediterranean and Atlantic waters
Thesis Project Aim: The intrinsic discrepancy existing between the definition of fish stock units and the structure of biological populations, emphasizes the urgent need of obtaining genetic data to be integrated with other available sources of information and implementing efficient management strategies of wild fishery resources. Blackspot seabream Pagellus bogaraveo (Brünnich, 1768) is a commercially valuable deep-water fish heavily exploited in the past decade. Analysis of individuals collected from different fishing grounds in the Mediterranean Sea and adjacent Atlantic Ocean will be directed to investigate the species’ connectivity across almost all the species’ dispersal area.
Info: Martina Spiga martina.spiga5@unibo.it [mailto:martina.spiga5@unibo.it] ; Alessia Cariani alessia.cariani@unibo.it [mailto:alice.ferrari6@unibo.it]
Topic: Towards a complete Reference database for Elasmobranch Conservation in the Mediterranean Sea
La proposta di tesi si colloca all'interno del progetto ELASMODROP (PNRR NBFC Spoke 2 "Solutions to reverse marine biodiversity loss and manage marine resources sustainably", nell'ambito dell'Attività 5 "Develop innovative Multi-Omics based technologies to address emergent biodiversity threats), che mira a utilizzare strumenti molecolari di NGS, come il metabarcoding del DNA ambientale, per investigare la diversità degli elasmobranchi nel Mar Mediterraneo.
Il successo dei metodi di metabarcoding dipende criticamente dall'accuratezza e dalla completezza del database di riferimento. Pertanto, l'obiettivo principale della ricerca sarà la creazione di un database accurato e dettagliato delle sequenze di elasmobranchi delle specie presenti nel Mar Mediterraneo, sia tramite la ricerca bibliografica dei marker attualmente in uso, che nel lavoro pratico in laboratorio per la produzione di marker stessi. Questo database potrebbe essere una solida base per gli studi futuri e, allo stesso tempo, supportare i piani di monitoraggio della biodiversità e di conservazione marina attualmente attivi.
I risultati derivanti da questa ricerca potrebbero fornire le basi per l'implementazione di misure di protezione atte a preservare le specie e le popolazioni di elasmobranchi dai fattori di stress antropogenici diretti, come la pesca e la distruzione dell'habitat, nonché da quelli indiretti, come il cambiamento climatico.
Principali attività previste durante il periodo di tesi:
- Stato dell’arte dei marcatori attualmente in uso per il metabarcoding di elasmobranchi
- Processamento campioni per l’ottenimento di 3 marcatori mitocondriali (COI, NADH2, 12S) e per un subset del mitogenoma completo
- Analisi dei dati prodotti
- Supporto ai campionamenti eDNA in mare
Competenze e interessi richiesti al candidato:
- Organizzazione e precisione in laboratorio molecolare per attività di estrazione, amplificazione e sequenziamento
- Attitudine a scrivere la tesi in inglese
Periodo di possibile svolgimento: dal 15/03/2024 al 30/11/2024
Relatore: Prof.ssa Alessia Cariani / Dott.ssa Alice Ferrari
Co-relatori: Dott.ssa Martina Spiga, Dott.ssa Valentina Crobe
Per informazioni:
Prof.ssa Alessia Cariani / Dott.ssa Alice Ferrari
c/o Laboratori di Scienze Ambientali, Via S. Alberto 163, 48123 Ravenna
email: alessia.cariani@unibo.it [mailto:alessia.cariani@unibo.it], alice.ferrari6@unibo.it [mailto:alice.ferrari6@unibo.it] ; martina.spiga5@unibo.it [mailto:martina.spiga5@unibo.it], valentina.crobe2@unibo.it
Suitable candidate must have:
- Availability from April 2024
- Interest in ecology, evolution, and conservation of marine fish
- Accomplished the course of “Disegni sperimentali e analisi dati”; including the R course.
- Good English writing skills: thesis will be written in English with the aim to publish suitable outcomes.