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Matteo Proto è docente all'Università di Bologna dove insegna Geografia, Geografia urbana e Geografia politica.
Le sue ricerche si concentrano nell'ambito della geografia e della cartografia storica, della geografia politica e dei processi socio-spaziali nella città contemporanea. Il suo interesse è rivolto all'analisi delle teorie geografiche e della produzione cartografica nei processi di nation-building. Altri ambiti di indagine riguardano lo studio dell'acqua e delle trasformazioni dei paesaggi fluviali e le politiche di rigenerazione urbana. E' stato Principal Investigator del progetto SIR
River Frames. Ottenuto il titolo di dottore di ricerca nel 2009 presso l'Università di Bologna è stato assegnista e borsista nella stessa università, al Leibniz Institut für Länderkunde di Lipsia (Germania) e all'Università di Trento. Ha inoltre collaborato in progetti di ricerca o svolto periodi di visiting presso le Università di Verona, Innsbruck (Austria), Budapest (Ungheria), Edimburgo (UK) e il Leibniz Institut für Raumbezogene Sozialforschung di Berlino.
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