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Margherita Marsili è esperta di approcci teorico-computazionali basati sulla teoria delle perturbazioni a molti corpi per la determinazione delle proprietà spettroscopiche (elettroniche ed ottiche) di sistemi molecolari ed estesi, sia nel dominio della frequenza sia in quello del tempo. Gran parte del suo lavoro è stata ed è tuttora dedicata a sviluppi teorici e metodologici, e ad implementazioni in codici open-source distribuiti pubblicamente, quali Quantum ESPRESSO, Yambo, TribChem e, attualmente, WaveT.
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