Assegnista di Ricerca presso l'Human Micriobiomics Unit (DIMEC), su progetto EU intitolato SoluTions foR mItiGatinG climate-induced hEalth thReats (TRIGGER, Horizon Europe Framework Programme).
Dottore di ricerca in Scienze Biotecnologiche, Biocomputazionali, Farmaceutiche e Farmacologiche (FaBiT), svolge attività di ricerca nell'ambito del microbiota umano, con particolare interesse per le relazioni tra comunità microbiche, fisiologia dell'ospite, patologie e risposta alle terapie.
La sua attività integra competenze sperimentali, bioinformatiche e biostatistiche. Si occupa dell'analisi di dati di sequenziamento NGS, con particolare riferimento a dati di microbioma ottenuti mediante sequenziamento 16S rRNA e metagenomica shotgun, dello sviluppo e implementazione di pipeline bioinformatiche riproducibili e dell'analisi statistica di dati microbiologici, clinici e multi-omici.
Parallelamente all'attività di ricerca svolge attività di amministrazione e gestione di infrastrutture High Performance Computing (HPC) dedicate alla ricerca, occupandosi della configurazione e manutenzione degli ambienti di calcolo, della gestione di software e database bioinformatici e dell'ottimizzazione di workflow per l'esecuzione su cluster.
Partecipa inoltre allo sviluppo di strumenti e pipeline bioinformatiche per l'analisi del microbioma, disponibili attraverso GitHub, e fornisce supporto metodologico e computazionale a progetti di ricerca collaborativi
Formazione
- 2021 - 2025: PhD in Scienze Biotecnologiche, Biocomputazionali, Farmaceutiche e Farmacologiche (B2F2).
Titolo della tesi: The human microbiota in cancer: unraveling microbial roles in hematological malignancies and colorectal cancer.
- 2018 - 2021: Laurea Magistrale in Biotecnologie Farmaceutiche (LM-9) presso l'Università di Bologna, Scuola di Farmacia e Biotecnologie.
Titolo della tesi: Sviluppo di tecniche di coltura microfluidiche per lo studio della diffusione delle malattie neurodegenerative.
- 2015 - 2018: Laurea triennale in Biotecnologie (L-2) presso l'Università di Bologna, Scuola di Farmacia e Biotecnologie.
Titolo della tesi: Effetto dell’antiossidante N-Acetilcisteina (NAC) sulla preservazione del tessuto ovarico sottoposto a crioconservazione.
Esperienze curriculari e di ricerca
- 2024/Oggi: Assegnista di Ricerca – Human Microbiomics Unit (HMU), DIMEC, Università di Bologna
Attività di ricerca nell'ambito del progetto europeo TRIGGER, focalizzata sullo studio del microbiota umano e delle sue associazioni con fattori clinici e ambientali. L'attività comprende la gestione e l'analisi bioinformatica e biostatistica di dataset complessi, lo sviluppo e l'implementazione di workflow per dati NGS e il supporto computazionale ai progetti della Unità.
Si occupa inoltre della gestione dell'infrastruttura HPC del gruppo di ricerca, inclusi ambienti Linux e sistemi di scheduling, installazione e manutenzione di software e database scientifici, gestione di workflow containerizzati e ottimizzazione dell'esecuzione di pipeline bioinformatiche su cluster.
Tra le attività di sviluppo software rientrano la progettazione di pipeline e strumenti per rendere le analisi del microbioma maggiormente automatizzate e riproducibili. Tra questi, FUNCMAP, pipeline Nextflow per il profiling funzionale e dei geni di resistenza antimicrobica in dati metagenomici shotgun; KEGGSearch, package R per il recupero e l'integrazione di informazioni funzionali da KEGG; e microbAIDeR, sviluppato in collaborazione per agevolare l'analisi esplorativa e statistica di dati di microbioma.
L'attività comprende inoltre il supporto alla progettazione di studi, all'analisi statistica dei dati, alla preparazione di manoscritti scientifici e di proposte progettuali per finanziamenti nazionali ed europei, nonché attività di formazione e supporto a studenti, dottorandi e collaboratori nell'utilizzo di strumenti bioinformatici e statistici.
Ha inoltre contribuito alla realizzazione e all'avvio di AlmaMicrobiome, la biobanca di ricerca dedicata al microbiota umano dell'Università di Bologna, nell'ambito del progetto PNRR Strengthening BBMRI.it. In particolare, ha seguito le fasi di progettazione e implementazione delle nuove infrastrutture, contribuendo alla definizione e all'acquisizione della strumentazione scientifica e informatica, nonché alla ristrutturazione e riorganizzazione degli spazi e alla successiva messa in attività dei nuovi laboratori e della biobanca.
- 2021/2024 - Dottorato di ricerca - Human Microbiomics Unit (HMU), DIMEC, Università di Bologna
Dottorato incentrato sullo studio del microbiota umano in diversi contesti patologici, principalmente in pazienti affetti da tumori ematologici e cancro al colon retto. Durante questo periodo ha avuto modo di studiare e comprendere la relazione tra il microbiota umano e la normale fisiologia dell'ospite in diversi stati patologici seguendo diversi progetti finanziati da associazioni nazionali di ricerca, ministero della salute e progettazione europea. Ha inoltre svolto il ruolo di co-supervisore di tesi di laurea degli studenti tirocinanti che hanno svolto il loro tirocinio curricolare presso l'HMC.
- 2021 - Tirocinio magistrale - FABIT, Università di Bologna
Tirocinio svolto presso il Laboratorio di Nanobiotecnologie del Professor Giampaolo Zuccheri dove ha appreso metodiche e pratiche colturali di sferoidi e organoidi finalizzati alla validazione di nuovi approcci per screening di farmaci antitumorali. In questo periodo è stato coinvolto nella progettazione e preparazione di dispositivi microstrutturati in polidimetilsilossano (PDMS) finalizzati alla coltura cellulare 3D. Progetto di tesi magistrale incentrato sullo sviluppo di un sistema di coltura microfluidico per analisi morfologiche ed immunocitochimiche, in microscopia ottica ed a fluorescenza, al fine di studiare la diffusione della neuroinfiammazione e lo stato neurodegenerativo ad essa associato.
- 2018 - Tirocinio triennale - U.O. di ginecologia e fisiopatologia della riproduzione umana, Sant'Orsola - Malpighi
Tirocinio svolto presso U.O. di ginecologia e fisiopatologia della riproduzione umana, Sant'Orsola - Malpighi della Dottoressa Raffaella Fabbri dove il gruppo di ricerca si occupava della crioconservazione di tessuto ovarico e del suo successivo reimpianto in pazienti oncologici, in modo da ripristinare la funzionalità ovarica in giovani donne sottoposte ad importanti cicli di chemio e radio terapia.
