La ricerca di Davide Dainese si attesta attorno a tre macro-aree tematiche (mistica, teologia politica, storia conciliare) e a tre aree cronologiche (Tarda Antichità, Età Moderna, Età Contemporanea). I suoi interessi scientifici coprono tuttavia anche il Medioevo latino e greco.
Davide Dainese è anche membro del Collegio dei Docenti del dottorato in Studi Ebraici dell'Università di Bologna.
Il cristianesimo antico e tardo-antico
La ricerca di Dainese relativa al cristianesimo antico e tardo-antico concerne la Tradizione Alessandrina, sotto tre profili: la mistica (giudaismo alessandrino, gnosticismo, Clemente di Alessandria e Origene), la "teologia politica" e le sue radici di lungo periodo (Eusebio di Cesarea), la storia conciliare (il concilio di Nicea e la conciliarità/sinodalità del primo Millennio).
Il cristianesimo nella Prima Età Moderna
Per quanto concerne la Prima Età Moderna, la ricerca di Dainese si è concentrata sull'epoca del post-concilio tridentino e sulle guerre di religione tra XVI e XVII secolo, inizialmente con un interesse per le questioni relative alla "recezione" dei Padri della Chiesa, successivamente per la storia del diritto e del pensiero politico.
Il cristianesimo in Età Contemporanea
Sotto questa prospettiva Dainese ha studiato due temi: il pontificato di papa Bergoglio e il rapporto tra il cardinale Giacomo Lercaro e Giuseppe Dossetti in merito alla liturgia tra pre- e post-concilio Vaticano II.
Come editore della serie Conciliorum Oecumenicorum Generaliumque Decreta del "Corpus Christianorum", infine, Dainese ha curato anche l'edizione critica dei decreti delle chiese cattolica e ortodosse dal Medioevo alla Contemporaneità.
