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Claudia Sala

Professoressa a contratto

Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche

Dipartimento di Fisica e Astronomia

Assegnista di ricerca

Dipartimento di Fisica e Astronomia

Curriculum vitae

Formazione

Laureata in Fisica nel 2011 con voto di 106/110, ha conseguito la laurea magistrale in Fisica Applicata con voto di 110/110 e lode nel 2013. Dal 2014 al 2016 è stata dottoranda presso l’Università di Bologna, dove ha conseguito il titolo di Dottore di ricerca in Fisica.

Esperienze di ricerca

Da gennaio 2017 è assegnista di ricerca presso il dipartimento di Fisica e Astronomia dell’Università di Bologna, sotto la supervisione del Prof. G.Castellani e in collaborazione con il Dott. P.Garagnani del Dipartimento di Medicina Specialistica, Diagnostica e Sperimentale presso il laboratorio del Prof. C. Franceschi. È coinvolta in svariati progetti europei (MIMomics, HARMONY, PROPAGAGING, COMPARE) e i suoi principali ambiti di ricerca sono l’analisi di sistemi biologici a partire da dati omici tramite modellizzazione stocastica, teoria dei network e strumenti statistici quali teoria bayesiana e machine learning, oltre che l’applicazione e lo sviluppo di metodi bioinformatici e statistici per l’analisi di dati di genomica, metagenomica e metilazione.

Da gennaio 2014 a dicembre 2016 è stata dottoranda presso il dipartimento di Fisica e Astronomia dell’Università di Bologna. In questo periodo si è occupata della modellizzazione stocastica dell’ecosistema batterico intestinale e della stima di un nuovo indice di biodiversità che potesse predire un invecchiamento in buona salute. All’interno del progetto europeo Fibebiotics si è occupata di stimare l’effetto di particolari nutrienti sulla biodiversità della flora intestinale, usando un modello simile. Ha studiato i processi dinamici di evoluzione del genoma tramite la modellizzazione della popolazione dei domini proteici, in collaborazione con il Laboratory of Systems and Synthetic Biology dell’Università di Wageningen (Paesi Bassi). Durante il dottorato di ricerca si è inoltre occupata dell’analisi di dati di metagenomica per determinare l’effetto dell’aggiunta di proteasi a una dieta povera di proteine sulla composizione e la funzionalità metabolica della popolazione batteria del cieco di pollo. Questo progetto è stato svolto insieme al gruppo di ricerca del Prof. G.Manfreda del dipartimento di Scienze e Teconologie Agro-Alimentari dell’Università di Bologna. In collaborazione con il Prof. A.Laio della S.I.S.S.A. di Trieste (settore di Fisica statistica e biologica) ha contribuito allo sviluppo di un nuovo metodo di clustering per l’analisi di dati di 16S rRNA. Infine, all'interno del progetto europeo MISSIONT2D, ha stimato un network metabolico che fosse caratteristico della (in)flessibiltà metabolica e ha analizzato dati di espressione genica di cellule muscolari per determinare quali geni fossero maggiormente associati con l’inflessibilità metabolica.

Da aprile ad ottobre 2015 è stata in visita presso il dipartimento di Statistica Medica e Bioinformatica del Leiden University Medical Center (Leiden, Paesi Bassi), dove ha collaborato con il gruppo di ricerca della Prof.ssa J. Houwing-Duistermaat e della dott.ssa H.W. Uh. Qui si è occupata principalmente della stima di network di correlazione parziale per descrivere dati di espressione genica e di metabolomica. Ha inoltre avviato una collaborazione con il Prof. D.Garlaschelli del dipartimento di Fisica Teoria dell’Università di Leiden riguardo metodi di community detection su matrici di correlazione parziale.

Da dicembre 2012 a dicembre 2013 ha svolto la tesi di laurea magistrale presso il gruppo del Prof. G.Castellani e si è occupata della modellizzazione stocastica della flora intestinale animale a partire da dati di next-generation sequencing e usando un approccio a master equation.

Da marzo 2010 a marzo 2011 ha lavorato alla tesi di laurea triennale presso il gruppo del Prof. G.Castellani, in collaborazione con la dott.ssa I.Zironi. Questo lavoro è stato svolto all'interno del progetto INFN EXCALIBUR e ha riguardato la misura e l’analisi degli effetti delle radiazioni ionizzanti a basse dosi su colture cellulari, tramite microscopia dinamica a fluorescenza.

Da marzo a dicembre 2009 ha svolto un tirocinio presso il gruppo di Biofisica del Prof. G.Castellani con cui si è occupata di studiare gli effetti delle radiazioni ionizzanti tramite l’analisi di dati di espressione genica (microarray) e la mappatura su noti pathways metabolici.

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