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Alice Ferrari

Ricercatrice a tempo determinato tipo a) (junior)

Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche e Ambientali

Settore scientifico disciplinare: BIO/05 ZOOLOGIA

Curriculum vitae

ISTRUZIONE

01/01/2014 – 20/04/2017

Università di Bologna

Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche e Ambientali

Dottore di Ricerca in Scienze della Terra, della Vita e dell'Ambiente

“The differential expression among dorsal pictorial ornaments in Rajidae patterning (class Chondrichthyes)”

 

01/11/2009- 22/03/2012

Università di Bologna

Laboratorio di Genetica e Genomica delle Risorse Marine e Ambientali (GenoDREAM)

Laurea Magistrale in Biologia Marina

Tesi sperimentale: “Population structure and connectivity of the Mediterranean Raja miraletus

(L., 1758)”

 

01/11/2004 – 17/04/2009

Università degli Studi di Parma

Laurea Triennale in Scienze Naturali

Tesi sperimentale: “Interazione tra specie nel Parco del Mincio. Foodweb, dominator tree e

specie chiave”

 

Settembre 1999 – Giugno 2004

Diploma di Maturità Linguistica

Liceo Ginnasio Virgilio, indirizzo linguistico, Mantova

 

CONOSCENZA LINGUE STRANIERE

Italiano Madre lingua

Inglese Avanzato

Francese Avanzato

Tedesco Scolastico

Portoghese Scolastico

 

ASSEGNI E BORSE DI STUDIO PER LA RICERCA

01/09/2019– 31/01/2022

Università di Bologna

Centro Interdipartimentale di Ricerca per le Scienze Ambientali - CIRSA

via Sant'Alberto 163, 48123 Ravenna, Italia.

Assegnista di Ricerca

 

12/07/2021 – 11/08/2021

CoNISMa- Consorzio Nazionale Interuniversitario per le Scienze del Mare

Piazzale Flaminio 9, 0019 Roma, Italia.

Collaboratore nell'ambito del Progetto MEDUNITS “Study on Advancing fisheries assessment and management advice in the Mediterranean and Black Sea by aligning biological and management units of priority species.” EASME/EMFF/2017/1.3.2.3/01/ SI2.793201 -SC03.

 

15/01/2020 –15/04/2020

FAO - Food and Agriculture Organization of the United Nations

Dept. GFCM/FIDGD

Via delle terme di Caracalla, 00153 Roma, Italia.

Consulente (Categoria C) nell'ambito del Progetto "Transboundary population structure of Sardine, European hake and blackspot seabream in the Alboran Sea and adjacent waters: a multidisciplinary approach (TRANSBORAN)".

 

01/09/2017– 31/08/2019

Università di Bologna

Dipartimento di Scienze Biologiche, Geologiche e Ambientali

p.za Porta S. Donato 1, 40126 Bologna, Italia.

Assegnista di Ricerca

Stabilizing selection in the sea: looking for evidence from comparative transcriptomics of skin pigmentation in non-model skates of the genus Raja


01/11/2015– 30/04/2016

Università di Basilea

Dipartimento di Scienze Ambientali, Istituto di Zoologia, Salzburger Lab

Vesalgasse 1, CH-4051 Basel, Svizzera.

Internship per lo svolgimento della fase sperimentale della tesi di Dottorato

Marco Polo (Università di Bologna)

 

01/09/2013 –31/12/2013

CoNISMa- Consorzio Nazionale Interuniversitario per le Scienze del Mare

Piazzale Flaminio 9, 00196 Roma, Italia.

Progetto Tendermare VII- MAREA StockMed Project.

 

04/01/2013 – 04/08/2013

CIBM- Centro Interuniversitario di Biologia Marina

Via N. Sauro 4, 57128 Livorno, Italia.

Progetto Elasmostat (MiPAAF - D.G. Pesca Marittima e Acquacoltura)

 

14/09/2011-14/12/2011

Università del Minho

Campus de Gualtar, 4710-057 Braga, Portogallo.

Borsa di studio per tesi all'estero: Struttura genetica e microevoluzione

delle popolazioni di Raja miraletus L. di Atlantico e Mediterraneo

Perfezionamento delle tecniche di biologia molecolare nell'ambito del Progetto FishBOL

 

FORMAZIONE

27/08/2019 – 01/09/2019

Edmund Mach Foundation - FEM

via Mach 1, 38010 San Michele all'Adige (TN)

Irsae PhyloPop 2019

 

16/10/2017 – 17/10/2017

Università di Leicester

College Court Conference Centre

Knighton Road, LE2 3UF, Leicester, UK.

BBASH RNA-Seq Next Generation Sequencing Analysis Workshop

 

06/06/2016 –10/06/2016

Università di Napoli Federico II

Corso Umberto I 40, 80138 Napoli, Italia.

“RNA-seq data analysis” workshop

 

07/09/2015 - 09/09/2015

Università di Leida 

Medical Center, Rapenburg 70, 2311 EZ

BioSB/LUMC NGS course "RNA-seq data analysis" workshop, 5a edizione. Leida, Olanda

 

06/07/2015 - 09/07/2015

Instituto Gulbenkian de Ciência

R. Q.ta Grande 6, 2780-156 Oeiras, Portogallo

GTPB Course “Population Genetics and Demographic History: model-based approaches” workshop

 

09/11/2014 - 22/11/2014

Partecipazione a progetto e imbarco in SOLEMON 2014 (FAO-Adriamed).  GSA 17, presso CNR-ISMAR di Ancona, Italia

 

Partecipazione a progetto e imbarco in MEDITS 2014 Mediterranean trawl survey (DCF-EU Reg 199/2008) finanziato da EU DG MARE –MIPAAF

Periodo: 1-8 Dicembre, GSA 16, presso CNR-IAMC di Mazara del Vallo

12-19 Ottobre, GSA 17, presso Università di Bologna, Fano

19-22 Settembre, GSA 19, presso Università di Bari

11-14 Settembre, GSA 10, presso COISPA, Tecnologia&Ricerca, Bari

4-9 Agosto, GSA 18, presso COISPA, Tecnologia&Ricerca, Bari

 

06/09/2010 – 15/10/2010

Università di Bologna

Laboratorio GenMap,

via Sant'Alberto 163, 48123 Ravenna, Italia

Tirocinante: tecniche molecolari per la genetica di popolazione (estrazione del DNA, PCR, elettroforesi su gel di agaosio)

Ottimizzazione delle condizioni di amplificazione di 8 loci microsatelliti in R. miraletus L.

 

22/06/2009 – 10/09/2009

Ufficio dell'Ambiente della Corsica

Base Scientifica della Rondinara, B.P. 507, 20169 Bonifacio (Corsica, Francia)

Post-laurea - progetto GAIUS: Studio della frequentazione delle Isole Lavezzi. Monitoraggio e foto identificazione di cetacei

 

27/07/2007 – 28/08/2007

Ufficio dell'Ambiente della Corsica

Base Scientifica della Rondinara, B.P. 507, 20169 Bonifacio (Corsica, Francia)

Tirocinante - progetto AMPAMED: studio dell'attività di diporto nelle aree protette delle Isole Lavezzi, in relazione alle praterie di Posidonia oceanica L.

Guardiacoste

 

ATTIVITA' DIDATTICA

A.A. 2015- 2016, 2017-2018

Università di Bologna

Campus di Ravenna, via Sant'Alberto 163, 48123 Ravenna, Italia.

Laurea Magistrale in Biologia Marina

Tutor per le attività in campo e di laboratorio per il Laboratorio Sperimentale in Mare

svoltosi al Rudjer Boskovic Institute, Center for Marine Research

G. Paliaga 5, 52210 Rovigno, Croazia

 

A.A. 2016- 2017, 2017-2018, 2018-2019, 2019-2020, 2021-2021

Università di Bologna

Campus di Ravenna, via Sant'Alberto 163, 48123 Ravenna, Italia.

Laurea Magistrale in Biologia Marina

Tutor didattico del corso Struttura e Connettività delle Popolazioni Marine (cod.66758)

 

A.A. 2017-2018, 2018-2019, 2019-2020, 2020-2021, 2021-2022

Università di Bologna

Campus di Ravenna, via Sant'Alberto 163, 48123 Ravenna, Italia.

Laurea Triennale in Scienze Ambientali

Tutor didattico del corso Biologia Animale (cod.65927)

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da marzo 2015 a febbraio 2016. Supervisione della studentessa ALESSIA CROSARA durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Inference of Raja miraletus population structure using mitochondrial and nuclear DNA: comparing the resolution power of molecular markers in exploring species and population boundaries

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da giugno 2016 a marzo 2017. Supervisione dello studente VALERIO SULLIOTTI durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Parentage analysis in the captive breeding of European eel (Anguilla anguilla L.) using microsatellite markers

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da maggio 2017 a febbraio 2018. Supervisione della studentessa VALENTINA CROBE durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi DNA barcoding of Atlantic skates (Chondrichthyes, Rajiformes): taxonomic and phylogeographic inferences, and conservation impacts

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biodiversità ed Evoluzione (Università di Bologna) da giugno 2018 a marzo 2019. Supervisione dello studente FILIPPO SCHIAVONE durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Molecular phylogeny of the families Torpedinidae, Myliobatidae, Mobulidae and Dasyatidae in the Mediterranean Sea

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da ottobre 2017 a marzo 2019. Supervisione dello studente VINCENZO GAROZZO durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Indagini morfologiche e genetiche sul genere Alloteuthis nello stretto di Sicilia

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da ottobre 2017 a marzo 2019. Supervisione dello studente ENRICO MARIANO GIARRUSSO durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Indagini morfologiche e genetiche sul genere Squalus nello stretto di Sicilia

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da aprile 2018 a luglio 2019. Supervisione dello studente ANNA BENVENUTO durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Incertezze tassonomiche in Centrophorus granulosusnel Mediterraneo: un approccio integrato di tassonomia morfologica e molecolare

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da ottobre 2018 a marzo 2020. Supervisione dello studente MARTINA SPIGA durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi A multidisciplinar approach to assess population structure of Pagellus bogaraveofor a correct delineation of stock units in the Alboran sea

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da ottobre 2018 a marzo 2020. Supervisione dello studente SIMONE DI CRESCENZO durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Connectivity in the wide-ranging deepwater blackmouth catshark (G. melastomusRafinesque, 1810): first assessment of genetic structure in Atlantic and Mediterranean populations

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da ottobre 2018 a marzo 2020. Supervisione dello studente GIUSY CATALANO durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Inferring the phylogeography and population structure of the Mediterranean endemic Starry ray Raja asterias (Delaroche, 1809) with a special focus on egg cases geographical assignment.

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da settembre 2019 a marzo 2020. Supervisione dello studente GIOELE ERMINI durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Età, accrescimento e caratteristiche genetiche di Solea aegyptiacanel Mar Adriatico.

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) da luglio 2020 a marzo 2021. Supervisione dello studente ALEX ZEMELLA durante le attività analisi bioinformatics e stesura della tesi Differential gene expression analysis and gene annotation in the brown-skate Raja miraletus.

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) in corso. Supervisione dello studente DANIELE FRANCHINI durante le analisi dati e stesura della tesi Reproductive performance of European eel Anguilla anguilla based on paternity assignment in artificial conditions.

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) in corso. Supervisione dello studente MARTINA LA TORRE durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Molecular biodiversity assessment of nekton in the Tyrrhenian deep sea.

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) in corso. Supervisione dello studente NOEMI PASINI durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Population genetic of critically endangeredMyliobatis aquilaacross the Gibraltar strait.

 

Correlatore di tesi Magistrale in Biologia Marina (Università di Bologna) in corso. Supervisione dello studente LINDA ALBONETTI durante le attività di laboratorio, analisi dati e stesura della tesi Elasmobranch diversity in the Mediterranean Sea in relation to fishing effort, using environmental DNA.

 

SYMPOSIA E COMUNICAZIONI ORALI

Lelli, S., Ferrari, A. (2022). Cooperazione e pesca sostenibile ‐ il progetto FAO‐FISHBONE come esempio di collaborazione multidisciplinare tra paesi del Mediterraneo. Relatore per il corso di Applicazioni Genetiche e Genomiche per Acquacoltura e Pesca del corso di Laurea Magistrale in Biologia Marina, Università di Bologna. 22 febbraio, Ravenna, Italia.

 

Ferrari, A., Cariani, A. (2019). Laboratory guidelines for DNA extraction and sequencing. Relatore per FAO EastMed Workshop on Transboundary population structure of Round Sardinella in the Eastern Mediterranean – Levantine Basin. 1 luglio, Bari, Italia.

 

Ferrari A., Crobe, V., Benvenuto A., Cariani A. (2019). Si fa presto a dire squalo: potenzialità e limiti delle metodiche di tassonomia molecolare. Invited talk at the II workshop sugli elasmobranchi delle acque Italiane. Tassonomia, identificazione e normative. 16-17 maggio. Chioggia, Venezia, Italia.

 

Ferrari, A., Cariani, A. (2019). Genetic markers for stock boundaries analysis. Invited talk at the FAO EastMed Workshop on Transboundary population structure of Round Sardinella in the Eastern Mediterranean – Levantine Basin. 21-22 marzo, Rome, Italia.

 

Ferrari, A., Leslie, R., Scarcella, G., Cariani, A., Tinti, F. and Salzburger, W. (2016). The genetic basis of eyespot pigmentation patterns in Rajidae (subclass Elasmobranchii) revealed by next-generation transcriptome sequencing. Presentazione orale a FSBI Symposium 2016. 18-22 luglio, Bangor, UK.

 

Ferrari, A., Cariani, A. and Tinti, F. (2015). A mosaic of cryptic species among the family Rajidae: moving from phylogenetics to phylo-transcriptomics. Presentazione orale a DZG Graduate Meeting Zoological Systematics. 5-6 giugno, Bonn, Germania.

 

POSTERS

Crobe, V., Ferrari, A., Tinti, F., Cariani, A. (2019). Another piece of the evolutionary history of Atlantic skates (Chondrictyes, Rajiformes): integrating DNA barcoding approach and phylogenetic inferences. European Elasmobranch Association 23sima Conferenza Annuale. 16-18 ottobre, Rende, Italia.

 

Di Crescenzo, S., Ferrari, A., Tinti, F., Cariani, A. (2019). First assessment of the genetic structure of deepwater blackmouth catshark (G. melastomus Rafinesque, 1810) in Atlantic and Mediterranean populations. European Elasmobranch Association 23sima Conferenza Annuale. 16-18 ottobre, Rende, Italia.

 

Melis, R., Benvenuto, A., Ferrari, A., Follesa, M.C., Cannas, R. (2019). Molecular approach for the identification of sharks of genus Centrophorusin Mediterranean Sea. 42°congresso CIESM The Mediterranean Science Commission 7-11 ottobre. Cascais, Portogallo.

 

Ferrari, A., Messinetti, S., Negrisolo, E., Crobe, V., Cariani, A., Tinti. F. (2019). Step by step: the unprecedented evolutionary history of family Rajidae. Poster a SIBE-ISEB WORKSHOP 2019. 1-4 settembre, Padova, Italia.

 

Crobe, V., Bergonzini, C., Cilli, E., Ferrari, A., Leone, A., Ferretti, F., Tinti, F., Cariani, A. (2019). Molecular identification of endangered marine predators by barcoding ancient museum rostra of Mediterranean sawfish populations (Chondrichthyes, Pristidae). Presentazione orale a iBOL 2019 - The 8th International Barcode of Life Conference. 17-20 giugno, Trondheim, Norvegia.

 

Serena, F., Abella, A.J., Baino, R., Cannas, R., Carbonara, P., Carlucci, R., Facchini, M.T., Ferrari, A., Follesa, M.C., Gancitano, V., Garibaldi, F., Garofalo, G., Giusto, G., Lanteri, L., Mancusi, C., Manfredi, C., Mannini, A., Sartor, P., Sbrana, M., Sinacori, G., Sion, L., Tinti,F. (2018). Preliminary considerations of the status of elasmobranchs in the Italian waters. FAO Fish Forum 10-14 dicembre, Rome, Italia.

 

Lazic, T., Pierri, C., Ape, F., Balech, B., Cardone, F., Carbonara, P., Cariani, A., De Filippis, T., Ferrari, A., Gristina, M., Marzano, M., Mirto, S., Pesole, G., Santamaria, M., Corriero, G.(2018). Assessing conservation status of the Mediterranean Seahorses: distribution, populations' consistency, habitat choice and diet preferences.79° Congresso Nazionale Unione Zoologica Italiana (UZI). 25-28 settembre, Lecce, Italia.

 

Guarniero, I., Cariani, A., Sulliotti, A., Ferrari, A., Tinti, F., Mordenti, O. (2018). Acquacoltura di specie emergenti: Genotipizzazione e pedigree in Anguilla anguilla, primi risultati. 49° S.I.B.M. - Società Italiana di Biologia Marina. 4-8 giugno, Cesenatico, Italia.

 

Massi, D., Cariani, A., Mancusi, C., Titone, A., Ferrari, A., Crobe, V., Tinti, F., Serena, F. (2018). Biometry and molecular data of egg-cases of Raja Asterias Delaroche, 1809 in the strait of Sicily (Central Mediterranean). 49° S.I.B.M. - Società Italiana di Biologia Marina. 4-8 giugno, Cesenatico, Italia.

 

Ferrari, A., Leslie, R., Scarcella, G., Cariani, A., Tinti, F. and Salzburger, W. (2016). Pigmentation patterns in Rajidae (class Chondrichthyes): the genetic basis of spots revealed by transcriptome analysis. SIBE workshop 2016 Inferring Natural Selection using Genomic Data. 16-18 dicembre, Ferrara, Italia.

 

Ferrari, A., Leslie, R., Scarcella, G., Cariani, A., Tinti, F. and Salzburger, W. (2016). Species diversity and morphological stasis in skates (order Rajiformes): The challenge of skin transcriptome profiling in non-model species. Biology'16. The Annual Swiss Conference on Ecology, Evolution, Systematics, Biogeography and Conservation. University of Lausanne, 11-12 febbraio, Losanna, Svizzera.

 

Ferrari, A., Cariani, A., Messinetti, S., Leone, A., Cannas, R. and Tinti, F. (2015). Molecular markers, natural history and evolution in sharks and rays. 6th Congress of the Italian Society of Evolutionary Biology SIBE-ISEB. 31 agosto-3 settembre, Bologna, Italia.

 

Serena, F., Abella, A.J., Baino, R., Carbonara, P., Facchini, M.T., Ferrari, A., Follesa, M.C., Gangitano, V., Garibaldi, F., Manfredi, C., Mancusi, C., Sartor, P., Sbrana, M., Sion, L. and Tinti, F. (2014). Preliminary considerations of the status of elasmobranchs in the Italian waters.Abstract. In: Programme and Abstracts of Shark International, Durban 2014: 159

 

Ferrari, A., Maroso, F., Orpelli, A., Rambaldi, S. and Cariani, A. (2014). Stock boundaries of Mullus barbatus(Mullidae) and Parapenaeus longirostris(Penaeidae) populations in the Italian Seas: development of genomic 2b-RAD markers. IMMR 2014, 10-11 luglio, Peniche, Portogallo.

 

Cariani, A., Ferrari, A., Tinti, F., Vinjau, S., the Elasmomed Consortium, Velonà, A. (2012). Parapatric cryptic speciation of Raja miraletus (L., 1758) species complex discovered from mitochondrial and nuclear markers. EEA 2012, 22-25 novembre, Milano, Italia.

 

CAPACITA' TECNICHE

Biologia molecolare: estrazione di RNA e DNA (TRIZOL, C-tab protocols, salting out e kit Direct-Zol RNA MiniPrep - Zymo Research, vacuum Promega SV Wizard, Macherey-Nagel, Qiagen, RBC Bioscience, Invitek - Invisorb), elettroforesi su gel di agarosio, PCR, purificazione prodotti di PCR. Preparazione di librerie genomiche per Ion Torrent (AmpliSeq™ Dynabeads® Cleanup Module, Ion Total RNA-Seq Kit v2).

Informatica: AliGROOVE v.1.06, MrBayes v.3.2.7, iQtree v.1.6.8, BAPS6, GENEMAPPER v.5.0, MEGA v.X, PeakScanner v.1.0, HapView, PopART, DNASP v.6.0, GENETIX v.4.05, FSTAT v.2.9.3.2, GENEPOP on the web v.4.2, GenALEx v.6.5, PAST v.1.72, ARLEQUIN v.3.5.2.2, PHYLIP package v.3.6, BEAST v.1.8 (during Masters), Adobe Photoshop, Adobe LightRoom, GIMP v.2.

Bioinformatica: Trinity (Università degli Studi di Napoli Federico II, 6-10 giugno 2016), Galaxy (Leiden University di Leida, 7-9 settembre 2015), ms, SPAms, SRUCTURE, fastSTRUCTURE, PSMC, TESS, ABC (Gulbenkian Institute, 6-9 luglio 2015), FastQC Tool-Kit, Trimmomatic, Bowtie2, STARS (PhD).

Strumenti per elaborazione immagini: Adobe Photoshop, Adobe LightRoom, GIMP v.2.

Strumenti Bibliografici: EndNote e Mendeley.

Strumenti: Bead Beater FastPrep-24 MP Biomedicals, Bioanalyzer2100 (Agilent Technologies, Germany), ND-1000 spectrophotometer (ThermoFisher Scientific), Multiskan™ FC Microplate Photometer (Thermo Scientific), Qubit® 2.0 Fluorometer, autoclave AstorClave 20L, Bio-RAD Gel DOC EZ System Gel Imaging System.

Utilizzatore competente di Windows, delle principali componenti del pacchetto Microsoft Office.

Utilizzatore competente di sistemi Windows, Mac e Linux.

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