AVVISO RIGUARDO LE PROPOSTE DI TIROCINIO-TESI 2022/2023 NELLE MATERIE GENETICA AGRARIA E MIGLIORAMENTO GENETICO

Thu, 26 May 2022 18:30:05 +0200

AVVISO RIGUARDO LE PROPOSTE DI TIROCINIO e/o TESI 2022/2023 NELLE MATERIE GENETICA AGRARIA E MIGLIORAMENTO GENETICO

ARGOMENTI DI TIROCINIO/TESI DISPONIBILI AA 2022/2023, disponibili da ora

Gentili studenti,

Vi segnalo che nell’ambito degli insegnamenti di Genetica Agraria e Miglioramento genetico delle piante erbacee sono disponibili sette argomenti di tirocinio curriculare o meglio tesi di laurea, con ricerche attive e seguite da dottorandi di ricerca e/o post-dottorandi, tutte sulla genetica e miglioramento genetico del frumento, duro e tenero.

IMPORTANTE:

Sono tesi sperimentali con argomenti incentrati sulla specie frumento duro e tenero.

Sia il tirocinio curriculare che la tesi richiederanno, una volta iniziati una frequentazione continuativa, comunque bilanciata con le esigenze di studio dello studente, comunque di almeno due o tre mezze giornate a settimana.

Per tutti gli argomenti si cerca di unire attività pratiche di allevamento e fenotipizzazione di piante, progenie e popolazioni, con attività pratiche di laboratorio (marcatori molecolari, sequenziamento, studio della espressione genica) ed attività di analisi dati. Ciò alla fine del periodo risulta una esperienza piuttosto completa.

Vedete sotto le proposte di tirocinio/tesi.

Cordiali saluti,

Marco Maccaferri e Colleghi

nbsp;

ARGOMENTO DELLA TESI 1. ANALISI FENOTIPICHE E MOLECOLARI IN FRUMENTO TENERO E DURO PER INNOVARE LE INNOVARE LE PROCEDURE DI REGISTRAZIONE VARIETALE (PROGETTO EU - INNOVAR)

In collaborazione con la azienda di servizi per l’agricoltura HORTA srl, Ravenna

Obiettivo della tesi: arricchire di informazioni genomiche la procedura di valutazione ed iscrizione varietale. Utilizzare tecniche di analisi di immagine, analisi genomiche di GWAS e Genomic Prediction per identificare i determinanti genetici ed i rispettivi alleli per i principali caratteri agronomici

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Rilievi morfo-fisiologici diretti sui campi

- Analisi di immagini e dei dati raccolti. Analisi delle immagini parcellari da drone, analisi del numero di spighe per metro quadro, analisi della fertilità delle spighe

- Organizzazione dei dati in excel

- Analisi genomiche di tipo GWAS (mappatura per associazione, marker-trait association), identificazione di loci e alleli per caratteri agronomicamente utili presenti nel germoplasma, sequenziamento e produzione di marcatori molecolari diagnostici

- Analisi di laboratorio (estrazione DNA, PCR, KASP-PCR)

- Analisi di mappatura per associazione e identificazione di aplotipi molecolari con software dedicati per il GWAS e la stima delle Genomic Prediction, in ambiente R e LINUX

amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;amp;

ARGOMENTO DELLA TESI 2. RICERCA DI NUOVI LOCI DI RESISTENZA A RUGGINE GIALLA E BRUNA IN GERMOPLASMA MONDIALE DI FRUMENTO DURO (PROGETTI – INNOVAR – CEREALMED – CONVENZIONE AZIENDA APSOV)

In collaborazione con la azienda sementiera APSOV, CREA-GB

Obiettivo della tesi: arricchire di informazioni genomiche la procedura di valutazione ed iscrizione varietale. Utilizzare tecniche di analisi genomiche di GWAS e Genomic Prediction per identificare i determinanti genetici ed i rispettivi alleli per la resistenza

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Analisi dei rilievi di ruggine raccolti nelle prove già condotte

- Analisi genomiche di tipo GWAS (mappatura per associazione, marker-trait association), identificazione di alleli associati alla resistenza, caratterizzazione degli alleli di resistenza nel germoplasma, sequenziamento e produzione di marcatori molecolari diagnostici

- Analisi di laboratorio (estrazione DNA, PCR, KASP-PCR)

- Analisi di mappatura con software dedicati per il GWAS e la stima delle Genomic Prediction, in ambiente R e LINUX,

- Integrazione dei risultati con i database genomici internazionali

- Collaborazione con APSOV per implementare i risultati nel programma di miglioramento genetico dell’azienda

ARGOMENTO DELLA TESI 3. RICERCA DI NUOVI LOCI DI RESISTENZA A FUSARIOSI IN GERMOPLASMA MONDIALE DI FRUMENTO DURO E TENERO (PROGETTI – INNOVAR – CEREALMED – CONVENZIONE AZIENDA APSOV)

Obiettivo della tesi: arricchire di informazioni genomiche la procedura di valutazione ed iscrizione varietale. In particolare identificare loci per la risposta resistente/tollerante a fusariosi della spiga. Eseguire rilievi di campo e di serra per stimare le risposte alla fusariosi di genotipi diversi. Eseguire analisi genomiche di GWAS (mappatura per associazione, marker-trait association) e Genomic Prediction per identificare i loci di res/tolleranza.

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Analisi dei rilievi di fusariosi raccolti nelle prove già condotte, analisi di contenuto di micotossina DON (ELISA)

- Analisi genomiche di tipo GWAS (mappatura per associazione, marker-trait association), identificazione di alleli aplotipici associati alla resistenza, sequenziamento e produzione di marcatori molecolari diagnostici

- Analisi di laboratorio (estrazione DNA, PCR, KASP-PCR)

- Analisi di mappatura per associazione con software dedicati per il GWAS e la stima delle Genomic Prediction, in ambiente LINUX,

- Integrazione dei risultati con i database genomici internazionali

- Collaborazione con APSOV per implementare i risultati nel programma di miglioramento genetico dell’azienda, collaborazione con CREA-GB

ARGOMENTO DELLA TESI 4. RICERCA E CARATTERIZZAZIONE DI LOCI PER LA FERTILITA DELLA SPIGA E CARATTERI DEI GRANI IN UNA COLLEZIONE MONDIALE DI FRUMENTO DURO (PROGETTI – CEREALMED – COLLABORAZIONE CON IL CREA GENOMICA E BIOINFORMATICA DI FIRENZUOLA D’ARDA)

Obiettivo della tesi:

Obiettivo della tesi:

- Fenotipizzare la collezione dei frumenti duri per caratteri di fertilità delle spighe, numero dimensione e forma delle cariossidi e qualità.

- Curare i dati per depositarli in un database internazionale.

- Eseguire analisi genomiche di GWAS (mappatura per associazione) e Genomic Prediction per identificare i determinanti genetici ed i rispettivi alleli utili.

- Studiare la diffusione degli alleli utili nel germoplasma mondiale

- Identificare geni candidati, verificarne l’espressione e sviluppare marcatori molecolari diagnostici

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Rilievi sui campioni di spighe della collezione, analisi qualitative

- Analisi genomiche di tipo GWAS (mappatura per associazione), identificazione di alleli positivi per caratteri di fertilita’ delle spighe, dimensione e caratteristiche delle cariossidi, identificazione di aplotipi molecolari, sequenziamento e produzione di marcatori molecolari diagnostici

- Analisi di laboratorio (estrazione DNA, PCR, KASP-PCR)

- Analisi di mappatura per associazione e identificazione di aplotipi molecolari con software dedicati per il GWAS, in ambiente LINUX,

- Integrazione dei risultati con i database genomici internazionali del frumento

ARGOMENTO DELLA TESI 5. RICERCA DI NUOVI LOCI DI RESISTENZA A HEAT STRESS (CALORE) IN FRUMENTO DURO

Obiettivo della tesi:

- Curare i dati di campo vegetazionali e di produzione ottenuti negli anni precedenti con la collaborazione con CIMMYT

- Eseguire analisi genomiche di GWAS (mappatura per associazione, marker-trait association) e Genomic Prediction per identificare i determinanti genetici ed i rispettivi alleli per la risposta resistente/tollerante.

- Studiare la diffusione degli alleli utili nel germoplasma mondiale

- Identificare geni candidati, verificarne l’espressione e sviluppare marcatori molecolari diagnostici

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Cura ed analisi dei dati di campo raccolti negli anni precedenti

- Analisi genomiche di tipo GWAS (mappatura per associazione), identificazione di alleli positivi per indici vegetazionali, caratteri di fertilita’ delle spighe, dimensione e caratteristiche delle cariossidi ottenuti da esperimenti in condizioni di crescita di elevato calore

- identificazione di aplotipi molecolari, sequenziamento e produzione di marcatori molecolari diagnostici

- Analisi di laboratorio (estrazione DNA, PCR, KASP-PCR)

- Analisi di mappatura per associazione e identificazione di aplotipi molecolari con software dedicati per il GWAS, in ambiente LINUX,

- Integrazione dei risultati con i database genomici internazionali del frumento

ARGOMENTO DELLA TESI 6. PRODUZIONE DI UN ATLAS DI ESPRESSIONE GENICA DI RIFERIMENTO PER IL FRUMENTO DURO “SVEVO”

Obiettivo della tesi:

- Generare e curare i dati di sequenziamento del trascrittoma di Svevo utilizzando tecniche di RNAseq per il sequenziamento massivo dei trascritti

- Contribuire alla annotazione del genoma, predizione della presenza di geni attivi, e stabilire l’ortologia con gli altri genomi di frumenti, orzi e riso, mais

- Eseguire analisi di genomica funzionale: studio dei pattern di espressione genica nei diversi campioni di tessuti e organi raccolti

- Studiare la risposta funzionale agli stress abiotici e nutrizionali

- Contribuire a rendere pubblici i risultati della ricerca

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Cura ed analisi dei dati di trascrittomica già ottenuti

- Estrazione di RNA da campioni di tessuti diversi di Svevo e preparazione per il sequenziamento

- Analisi di annotazione del genoma per identificare la presenza di geni e trascritti

- Analisi funzionali della espressione genica. Utilizzo di software per l’analisi dei patterns di espressione in ambiente R e LINUX,

- Integrazione ed utilizzo di dati di espressione già depositati nei database genomici e di espressione del frumento

ARGOMENTO DELLA TESI 6. CARATTERIZZAZIONE DI LOCI PER STRUTTURA DEGLI APPARATI RADICALI IN UNA COLLEZIONE MONDIALE DI FRUMENTO DURO

Obiettivo della tesi:

- Fenotipizzare la collezione dei frumenti duri per apparato radicale

- Estrazione di DNA e RNA da apici radicali

- Eseguire analisi genomiche di GWAS (mappatura per associazione) e Genomic Prediction per identificare i loci per gli apparati radicali

- Eseguire analisi di trascrittomica utilizzando il metodo di RNAseq (sequenziamento massivo dei trascritti)

- Identificare geni candidati, verificarne l’espressione e sviluppare marcatori molecolari diagnostici

Attività da svolgere e conoscenze che verranno acquisite:

- Crescita e Rilievi su apparati radicali di accessioni della collezione mondiale dei frumenti duri

- Analisi genomiche di tipo GWAS (mappatura per associazione), identificazione di alleli positivi per caratteri degli apparati radicali

- identificazione di aplotipi molecolari, sequenziamento e produzione di marcatori molecolari diagnostici (estrazione DNA, RNA, PCR, KASP-PCR, sequenziamento)

- Analisi di mappatura per associazione con software in R e LINUX

- Analisi di espressione dei trascritti degli apici radicali

- Trasferimento degli alleli con effetto contrastante in genotipi moderni di frumento duro

Marco Maccaferri � Avvisi

AVVISO RIGUARDO LE PROPOSTE DI TIROCINIO-TESI 2022/2023 NELLE MATERIE GENETICA AGRARIA E MIGLIORAMENTO GENETICO