Anno Accademico 2018/2019
- Docente: Fabrizio Ferrè
- Crediti formativi: 12
- SSD: BIO/11
- Lingua di insegnamento: Inglese
- Moduli: Fabrizio Ferrè (Modulo 1) Federico Manuel Giorgi (Modulo 2)
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 1) Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 2)
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea in Genomics (cod. 9211)
Conoscenze e abilità da conseguire
Al termine del corso lo studente acquisisce abilità in computer science e utilizza strumenti per risolvere problemi bioinformatici. In particolare, lo studente sarà in grado di: i) comprendere gli algoritmi impiegati nei software bioinformatici; ii) usare strumenti già esistenti per risolvere problemi di base in bioinformatica; iii) ideare soluzioni a nuovi problemi usando le tecniche della computer science; iv) saper scegliere e adottare lo strumento bioinformatico che meglio si adatta a rispondere ad un dato problema genomico.
Contenuti
Il corso è diviso in 8 crediti (CFU) frontali e 4 CFU di laboratorio.
8 CFU frontali:
- Aspetti connazionali della ricerca biologica: il rapporto fra sequenza, struttura e funzione di acidi nucleici e proteine
- Algoritmi per analisi e confronto di acidi nucleici e proteine
- Il sequenziamento di nuova generazione: piattaforme e dati
- Algoritmi e procedure per l'analisi di dati di sequenziamento massivo parallelo di acidi nucleici
- Genoma: assemblaggio, annotazione e genotipizzazione
- Trascrittoma: dall'espressione genica alla ricostruzione dei trascritti
- Regolazione: modificazioni epigenetiche, motivi di regolazione, organizzazione 3D del genoma
4 CFU laboratorio:
- Nel laboratorio verranno applicati i concetti teorici appresi, in esercizi e progetti, allo scopo di acquisire padronanza con dati su scala genomica e la loro analisi. In particolare saranno introdotte le procedure principali per analisi di dati di RNA-seq, ChIP-seq e variant calling.
Testi/Bibliografia
Saranno forniti articoli, rassegne e capitoli di libri pertinenti agli argomenti trattati.
Metodi didattici
Lezioni frontali e laboratorio
Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento
La prova d'esame mira a verificare il raggiungimento degli obiettivi didattici. In particolare è volta a determinare la conoscenza del candidato negli argomenti delle lezioni frontali e nelle attività di laboratorio. La verifica prevede la realizzazione individuale di un progetto di analisi di dati genomici, e un esame scritto eventualmente integrato da un esame orale opzionale. Il voto è espresso in trentesimi.
Strumenti a supporto della didattica
PC, Internet, videoproiezioni e lavagna. Laboratorio di bioinformatica presso il plesso didattico Battiferro.
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Fabrizio Ferrè
Consulta il sito web di Federico Manuel Giorgi