85297 - BIOINFORMATICS

Anno Accademico 2018/2019

  • Docente: Fabrizio Ferrè
  • Crediti formativi: 12
  • SSD: BIO/11
  • Lingua di insegnamento: Inglese
  • Moduli: Fabrizio Ferrè (Modulo 1) Federico Manuel Giorgi (Modulo 2)
  • Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 1) Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 2)
  • Campus: Bologna
  • Corso: Laurea in Genomics (cod. 9211)

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso lo studente acquisisce abilità in computer science e utilizza strumenti per risolvere problemi bioinformatici. In particolare, lo studente sarà in grado di: i) comprendere gli algoritmi impiegati nei software bioinformatici; ii) usare strumenti già esistenti per risolvere problemi di base in bioinformatica; iii) ideare soluzioni a nuovi problemi usando le tecniche della computer science; iv) saper scegliere e adottare lo strumento bioinformatico che meglio si adatta a rispondere ad un dato problema genomico.

Contenuti

Il corso è diviso in 8 crediti (CFU) frontali e 4 CFU di laboratorio.

8 CFU frontali:

  • Aspetti connazionali della ricerca biologica: il rapporto fra sequenza, struttura e funzione di acidi nucleici e proteine
  • Algoritmi per analisi e confronto di acidi nucleici e proteine
  • Il sequenziamento di nuova generazione: piattaforme e dati
  • Algoritmi e procedure per l'analisi di dati di sequenziamento massivo parallelo di acidi nucleici
  • Genoma: assemblaggio, annotazione e genotipizzazione
  • Trascrittoma: dall'espressione genica alla ricostruzione dei trascritti
  • Regolazione: modificazioni epigenetiche, motivi di regolazione, organizzazione 3D del genoma

4 CFU laboratorio:

  • Nel laboratorio verranno applicati i concetti teorici appresi, in esercizi e progetti, allo scopo di acquisire padronanza con dati su scala genomica e la loro analisi. In particolare saranno introdotte le procedure principali per analisi di dati di RNA-seq, ChIP-seq e variant calling.

Testi/Bibliografia

Saranno forniti articoli, rassegne e capitoli di libri pertinenti agli argomenti trattati.

Metodi didattici

Lezioni frontali e laboratorio


Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

La prova d'esame mira a verificare il raggiungimento degli obiettivi didattici. In particolare è volta a determinare la conoscenza del candidato negli argomenti delle lezioni frontali e nelle attività di laboratorio. La verifica prevede la realizzazione individuale di un progetto di analisi di dati genomici, e un esame scritto eventualmente integrato da un esame orale opzionale. Il voto è espresso in trentesimi.

Strumenti a supporto della didattica

PC, Internet, videoproiezioni e lavagna. Laboratorio di bioinformatica presso il plesso didattico Battiferro.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Fabrizio Ferrè

Consulta il sito web di Federico Manuel Giorgi