66446 - METODICHE BIOMOLECOLARI APPLICATE ALLE MALATTIE TRASMISSIBILI

Anno Accademico 2019/2020

  • Docente: Caterina Lupini
  • Crediti formativi: 6
  • SSD: VET/05
  • Lingua di insegnamento: Italiano
  • Moduli: Caterina Lupini (Modulo 1) Caterina Lupini (Modulo 2) Andrea Balboni (Modulo 3)
  • Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 1) Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 2) Convenzionale - Lezioni in presenza (Modulo 3)
  • Campus: Bologna
  • Corso: Laurea Magistrale in Biotecnologie animali (cod. 8522)

Conoscenze e abilità da conseguire

Lo studente conosce e comprende la terminologia dell'epidemiologia e dell'analisi del rischio, sa valutare i metodi di controllo delle malattie infettive, sa valutare le misure di frequenza delle malattie, apprende come impostare un campionamento e a riconoscere i limiti di validità dei metodi diagnostici. Lo studente conosce le più recenti tecniche di bioinformatica attraverso l'applicazione di software ed algoritmi per l'analisi delle sequenze nucleotidiche e/o amminoacidiche allo scopo di ricostruire l'evoluzione e la filogenesi degli agenti infettivi.

Contenuti

Il corso ha l’obiettivo di fornire conoscenze relative all’epidemiologia e al controllo delle malattie infettive degli animali al fine di conseguire i mezzi necessari per poter comprendere e utilizzare i metodi epidemiologici nella pratica della medicina veterinaria. In particolare, si intende fornire indicazioni per progettazione e realizzazione di studi epidemiologici; stima della frequenza delle malattie; valutazione dei test diagnostici; valutazione dei fattori di rischio; sistemi di sorveglianza.

Il corso è suddiviso in 3 moduli didattici.

MODULO 1-Epidemiologia, diagnosi e profilassi delle malattie infettive

Il programma prevede:

  • Introduzione all’epidemiologia veterinaria: cenni storici, definizione e concetti di base.
  • Compiti e scopi dell’epidemiologia: compiti specifici e scopi pratici; profilassi, prevenzione, controllo e eradicazione; epidemiologia analitica ed epidemiologia descrittiva.
  • Casualità: associazione, causalità e casualità; significatività statistica e causalità.
  • Ecologia delle malattie: fattori condizionanti la presenza, il mantenimento e la diffusione di una malattia trasmissibile nelle popolazioni animali; differenza tra infezione e malattia; fattori relativi all’agente eziologico, all’ospite e all’ambiente.
  • Misure ed indicazioni di frequenza: tassi, proporzioni, rapporti; prevalenza istantanea e di periodo, incidenza cumulativa e densità di incidenza, mortalità e letalità.
  • Andamento delle malattie nel tempo: endemico, epidemico e sporadico.
  • Campionamento: campione e popolazione; dimensione del campione; metodi di campionamento.
  • Test diagnostici: criteri di scelta e valutazione dei test diagnostici; sensibilità, specificità, valore predittivo e limite di detestino; principali metodiche diagnostiche.
  • Profilassi delle malattie trasmissibili: profilassi diretta ed indiretta; biosicurezza ed analisi del rischio; vaccinazione: tipi di vaccini (tradizionali e di nuova generazione) e metodi di somministrazione.

MODULO 2- Gene Delivery

Verranno illustrati i concetti di base del gene delivery a scopo terapeutico e immunizzante con particolare riferimento agli obiettivi, modalità e fasi del gene delivery. Verrà trattato in particolare l’utilizzo di virus come vettori per l’espressione di proteine eterologhe. Dei principali virus utilizzati per tale scopo (Retrovirus, Adenovirus, Virus Adeno-associati, Herpesvirus e Poxvirus) verranno richiamati ciclo vitale e struttura genomica e discussi i metodi di produzione e le applicazioni in terapia/profilassi.

MODULO 3-Laboratorio di Bioinformatica

Nell'ambito del corso è compreso un laboratorio di epidemiologia molecolare che ha come obiettivo principale quello di fornire allo studente conoscenze relative alle tecniche di bioinformatica, attraverso l'utilizzo di software ed algoritmi per l'analisi delle sequenze geniche e/o aminoacidiche degli agenti infettivi. Al termine del modulo lo studente acquisisce la capacità di utilizzare i principali software per ricostruire l'evoluzione e la filogenesi degli agenti infettivi ed è in grado di leggere/interpretare gli alberi filogenetici. Il programma comprende: definizione di bioinformatica; principi di evoluzione molecolare; assemblaggio delle sequenze geniche a partire dagli elettroferogrammi; allineamento a coppie e multiplo di sequenze geniche; formati standard (FASTA, MEGA, CLUSTAL); banche dati di sequenze nucleotidiche e proteiche; costruzione ed analisi di alberi filogenetici.

Testi/Bibliografia

  • Veterinary Epidemiology, Thrusfield M., Oxford, United Kingdom, Blackwell Science Ltd, 2007
  • Bottarelli E., Ostanello F. Epidemiologia: teoria ed esempi di medicina veterinaria. Edagricole, Milano, 2011 ISBN-978-88-506-5347-8
  • Fenner's Veterinary Virology, Fourth Edition, Academic Press 2011
  • Manuale di virologia veterinaria. Mara Battilani, Sara Ciulli, Andrea Balboni, Laura Gallina, Alessandra Scagliarini (2013) Bononia University Press.
  • The phylogeny Handbook. A practical approach to phylogenetic analyses and hypothesis testing. Second edition. Philippe Lemey, Marco Salemi e Anne-Mieke Vandamme. Cambridge University Press, 2009
  • I softwares utilizzati sono disponibili alla Felsenstein's web page al seguente indirizzo: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
  • Materiale didattico online: http://www.quadernodiepidemiologa

Metodi didattici

Lezioni frontali ed esercitazioni pratiche al computer

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

La valutazione degli studenti si basa su un esame orale per i moduli 1 e 2 della durata complessiva di circa 15-30 minuti in cui verrà chiesto di rispondere a 3 domande (2 domande per il modulo 1 e 1 domanda per il modulo 2) .

Per il modulo 3 è prevista una idoneità da acquisire al termine del corso mediante prova pratica al computer. La prova pratica al computer inerente al modulo 3, della durata di 2 ore, consiste nell’interpretazione di un articolo scientifico riportante un albero filogenetico e nella esecuzione delle analisi bioinformatiche apprese durante il corso. Gli studenti che non saranno presenti il giorno della prova pratica prevista per il modulo 3 potranno successivamente acquisire l’idoneità sostenendo un esame scritto, della durata di 1 ora, composto da 16 domande a risposta multipla.

Le prove saranno finalizzate a verificare che gli studenti abbiano raggiunto le conoscenze e le competenze necessarie a mettere in pratica quanto appreso durante il corso. In particolare, verranno valutate le capacità di comunicazione e di sintesi. Il voto finale risulterà dalla media ponderata delle votazioni ottenute negli esami orali dei moduli 1 e 2. L’acquisizione dell’idoneità del modulo 3 è indispensabile ai fini della registrazione del voto.

Il docente verbalizzante è la Dr Caterina Lupini.

Strumenti a supporto della didattica

Diapositive PPT presentate a lezione e risorse web.

Il materiale didattico è raggiungibile all'indirizzo https://iol.unibo.it/

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Caterina Lupini

Consulta il sito web di Andrea Balboni