L’art. 5 del DPCM 31 ottobre 2000, contenente le Regole tecniche per il protocollo informatico, ordina alle pubbliche amministrazioni di redigere un Manuale per la gestione del protocollo, dei flussi documentali e degli archivi.
Si tratta di uno strumento operativo che descrive le procedure di gestione documentale adottate in Ateneo. Illustra le regole di funzionamento del sistema documentale e, passo passo, le attività da svolgere per gestire i documenti amministrativi (come e cosa protocollare, secondo quali regole, come gestire i documenti, in che modo e con quali logiche classificarli, protocollarli, ecc.). Esso non detta disposizioni giuridico/normative, né spiega le funzioni del software di protocollo informatico ma descrive e organizza procedure e processi.
Questo Manuale è pertanto rivolto ai dirigenti, ai quadri e agli operatori di protocollo degli Atenei, come strumento di lavoro per la gestione dei documenti, degli affari e dei procedimenti amministrativi che sono chiamati a trattare e dei quali sono individuati come responsabili, ma anche alla governance di Ateneo, come strumento di supporto ai processi decisionali.
Per il grado di analisi che ogni amministrazione è chiamata ad effettuare, può rappresentare un primo e significativo passo verso la certificazione di qualità del servizio. Inoltre, una volta reso pubblico, secondo quanto previsto dalla normativa, esso potrà anche servire al cittadino-studente-cliente come primo livello di Carta dei servizi. Il dettato del DPCM 31 ottobre 2000 prevede infatti che il Manuale affronti alcuni aspetti cruciali, quali la gestione e la tenuta dei documenti su vari supporti, la migrazione dei documenti informatici, l'introduzione dei titolari di classificazione e dei massimari di selezione, nonché la definizione delle linee strategiche legate al recordkeeping system (cioè al sistema archivistico) e al workflow management (cioè al sistema di flusso di lavoro e delle procedure ad esso collegate).
Il Manuale come "atto di organizzazione" descrive le fasi operative e organizzative del sistema per la gestione del protocollo informatico, dei flussi documentali e degli archivi, individuando per ogni azione o processo i rispettivi livelli di esecuzione, responsabilità e controllo, in una visione d'insieme – senza soluzioni di continuità – dal protocollo all'archivio di deposito.