85292 - PROKARYOTIC GENOMES

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente conosce le principali tematiche legate al sequenziamento, all'assemblaggio, all'annotazione dei genomi procariotici, con particolare enfasi sull'uso delle tecniche di next generation sequencing per l'analisi strutturale e funzionale dei genomi. Lo studente è inoltre in grado di comprendere la struttura della variabilità genetica e dei relativi effetti fenotipici, visualizzare genomi procariotici, applicare metodi per l'analisi dei dati genomici, interpretare e pianificare correttamente studi genomici nei batteri.

Contenuti

Il corso sui Genomi Procariotici (Modulo1+Modulo2) verterà sui seguenti argomenti:

• Introduzione ai Procarioti: la cellula procariotica e la crescita microbica
• Diversità del mondo procariotico: tassonomia e filogenesi di batteri e archea, l’albero della vita, “cronometri” molecolari e albero filogenetico, diversità microbica in termini di nutrizione, metabolismo e fisiologia
• Genomi procariotici e plasticità: struttura, duplicazione e partizione del genoma, plasmidi batterici ed elementi trasponibili, isole genomiche, “core genome” VS “accessory genome”, coniugazione batterica, trasduzione e trasformazione, ricombinazione
• Principi di mutagenesi, epigenetica e resistenza agli antibiotici
• Sequenziamento del genoma: tecnologie di sequenziamento del genoma, ricostruzione/assemblaggio del genoma, annotazione del genoma
• Comparative genomics: banche dati di riferimento e loro utilizzo
• Genomica funzionale: Trascrittomica (RNA-seq e Microarray)
• Introduzione a CRISPR: il sistema immunitario procariotico e lo strumento di modifica del genoma

Testi/Bibliografia

Non sono richiesti specifici libri di testo. Il materiale usato puó essere ottenuto on-line sottoforma di review e/o specifiche pubblicazioni sientifiche. In arternativa, il materiale didattico potrá essere fornito agli studenti come articoli stampati.

Metodi didattici

Gli argomenti del corso saranno presentati mediante lezioni frontali, discussioni e lavori di gruppo. Alcune lezioni del Modulo 2 si terranno nel laboratorio bioinformatico.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

L'esame finale comprenderá un test scritto (costituito da domande corte, domande lunghe e domande a scelta multipla) e un test orale.

Strumenti a supporto della didattica

Le lezioni saranno effettuate principalmente usando presentazioni power point. Alla fine di ogni lezione o al completamento di ogni argomento, saranno fornite review e pubblicazioni scientifiche insieme ad eventuale materiale didattico aggiuntivo. Potranno essere inoltre usati video di tipo "open source" in supporto alle lezioni frontali.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Martina Cappelletti

Consulta il sito web di Marco Rinaldo Oggioni