L'attuale assetto dell'Orto Botanico è frutto di un'opera di risistemazione, tuttora in corso, che negli ultimi vent'anni ha interessato alcuni settori, in particolare la zona alberata posteriore, in precedenza lasciata sviluppare in modo naturale.
Attualmente nell'Orto Botanico sono visibili diverse collezioni di particolare pregio e i gruppi di piante che le costituiscono sono presentati mediante cartellini che riportano il nome della specie, la Famiglia di appartenenza e l'area di distribuzione geografica. Alcune aree invece, secondo criteri
espositivi più moderni, sono state destinate alla ricostruzione di particolari ambienti naturali, tra i più rappresentativi del territorio regionale.

Superato il cancello d'ingresso, nello spazio antistante l'edificio principale, si entra nel giardino ornamentale che ospita vari alberi tradizionalmente presenti negli Orti Botanici europei, con prevalenza di conifere. Alcuni esemplari spiccano per le dimensioni imponenti (Magnolia, Ginkgo, Tasso, Cryptomeria, Pinus brutia, Ilex aquifolium), altri attraggono per la forma insolita delle foglie, dei frutti o per la bellezza dei fiori. 

A seconda delle stagioni, grandi vasi di erbacee colorano con le loro fioriture il viale di accesso all'edificio dell'ex Istituto Botanico.
Oltre la seconda cancellata, nella parte retrostante l'edificio, si accede alla zona delle piante officinali, che richiamano l'origine e la primitiva funzione degli Orti Botanici.
Qui è situata una vasca rotonda che accoglie piante acquatiche spontanee in Italia, alcune divenute ormai rare; un'altra vasca, posta poco oltre in posizione più soleggiata, ospita invece alcune specie esotiche con lussureggiante vegetazione e belle fioriture nel periodo estivo.
Nelle immediate adiacenze di questa seconda vasca sono collocate le serre, che rappresentano un settore molto importante dell'Orto bolognese.
La maggiore, di costruzione più recente, ospita la preziosa collezione di piante succulente raccolta e curata dal professor Giuseppe Lodi, recentemente scomparso.

Nelle altre due, sono ricreate condizioni climatiche caldo umide che permettono la crescita di piante delle zone tropicali e delle foreste pluviali equatoriali: felci, orchidee, alberi di interesse alimentare come Banano, Mango, Tamarindo, Caffè, Cocco, Pepe e specie ornamentali, fra cui numerose bromeliacee. 
Nelle varie serre è dislocata anche una piccola collezione di piante insettivore appartenenti ai generi Dionaea, Drosera e Nepenthes; esse attraggono per le particolarità morfologiche dei dispositivi e degli organi con cui catturano le prede per assorbirne, previa la loro digestione ad opera di enzimi idrolitici, le sostanze azotate.

Nella zona retrostante la serra si sviluppa il bosco parco, un ampio prato nel quale crescono alberi isolati, per lo più originari delle zone temperate del nostro emisfero.
Alcuni di questi esemplari (Platano, Pioppo del Canada, Noce bianco, Liquidambar, Cipresso calvo) si impongono per la notevole mole e sono sicuramente di età avanzata; nessuno di essi, tuttavia, può essere attribuito con certezza al parco alberato che, agli inizi dell'800, occupava quest'area prima del trasferimento dell'Orto.
Passeggiando lungo i vialetti del parco gli stimoli all'osservazione sono innumerevoli, in ogni periodo dell'anno.
La primavera, momento di massima esplosione e magnificenza del mondo vegetale, è preceduta da segnali puntuali, come la precoce e odorosa fioritura del Calicanto e quelle di Nocciolo e Corniolo, che colorano di giallo vari punti del bosco parco, mentre alcuni lembi di prato si macchiano del bianco dei Bucaneve.
Durante l'autunno si ammirano, invece, le magnifiche colorazioni che assumono le foglie di molti alberi prima di cadere e in inverno, sui rami ormai spogli, pendono frutti dalle forme spesso inconsuete e bizzarre.

Al bosco parco si affiancano, poi, alcuni settori dell'Orto dedicati alle ricostruzioni ambientali: piccoli spaccati di ambienti naturali tipici del territorio regionale, con le rispettive associazioni vegetali; alcune ricostruzioni sono di recente sistemazione, altre ormai consolidate.
Tra queste il bosco golenale tipico delle zone limitrofe ai corsi d'acqua di pianura, spesso inondate durante i periodi di piena; in esso è evidente una maggiore complessità della vegetazione, con un alto numero di alberi, arbusti ed erbe distribuiti in più strati e tali da formare un angolo di bosco igrofilo planiziale di alto valore didattico.

La spessa lettiera di foglie secche non rimossa, che qui ricopre in modo uniforme il sottobosco, contrasta decisamente con il circostante bosco parco, dove il prato viene regolarmente sfalciato e ripulito.

Nelle immediate adiacenze del bosco golenale, uno stagno artificiale ospita la vegetazione palustre naturale delle zone umide della pianura un tempo molto più estese delle attuali: in estate si possono ammirare nell'acqua le fioriture di Ninfee bianche e gialle e sui bordi quelle dell'Iris giallo e del Garofanino d'acqua .
A fianco dello stagno, su una piccola area rilevata, è in atto la ricostruzione di una rocciera, formata da grossi blocchi di gesso prelevati dai vicini affioramenti collinari, destinata ad ospitare specie tipiche di questi substrati.

La parte più settentrionale dell'Orto, infine, è occupata da un terrapieno che risale fino all'antica cinta muraria, confinante sul lato opposto con il viale di circonvallazione.
Questo spazio è destinato alla ricostruzione dei boschi appenninici che ricoprono i versanti collinari e montani dell'Emilia, distribuendosi in senso altitudinale in fasce di vegetazione, ognuna con associazioni vegetali caratteristiche.
Tale successione altitudinale è presentata nell'Orto lungo una linea orizzontale dove, da destra verso sinistra, si riconoscono alcune delle principali formazioni forestali appenniniche.
Il settore orientale, più asciutto e soleggiato, ospita piante tipiche del bosco sempreverde dell'area mediterranea (come Leccio. Fillirea e Corbezzolo), ampiamente diffuso nelle zone centro meridionali italiane; nella nostra regione alcune delle specie qui presenti compaiono solo sporadicamente, soprattutto nel settore dell'appennino romagnolo.
Il settore centrale del terrapieno si caratterizza per la presenza di specie proprie dei boschi misti di querce e altre latifoglie decidue, che dalle prime pendici collinari risalgono sino agli 800, 1000 metri, a contatto con le faggete sovrastanti.
Nel settore occidentale del terrapieno, infine, più ombroso e fresco, è in atto la ricostruzione del bosco di faggio tramite l'introduzione di piante prelevate a faggete del nostro appennino, dove esse rivestono i versanti montani fino a 1600, 1700 metri e chiudono la serie altitudinale della vegetazione forestale.
La serie delle ricostruzioni ambientali ospita anche, in un piccolo rilievo situato fra i due edifici dell'ex Istituto, piante tipiche dei boschi mesofili dell'appennino bolognese, che occupano i versanti collinari e montani più ombrosi e freschi.


Pagina di ingresso dell'Orto Botanico dell'Università di Bologna