- Docente: Marco Candela
- Crediti formativi: 6
- SSD: CHIM/11
- Lingua di insegnamento: Italiano
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea Magistrale in Biodiversità ed evoluzione (cod. 9075)
Conoscenze e abilità da conseguire
Gli obiettivi formativi del corso di metagenomica saranno declinati in tre ambiti specifici che coinvolgono aspetti di natura tecnica, biologica e pratica. Saranno quindi trattati i principali aspetti tecnici di uno studio di metagenomica, partendo da disegno sperimentale, approcci di campionamento, preparazione delle libraries e il sequenziamento, fino ad arrivare alle basi di bioinfomatca e biostatistica. Terminati gli aspetti di natura tecnica, si discuteranno applicazioni di metagenomica in diversi ambiti, verranno quindi discusse le traiettorie co-evolutive microbiota-ospite e le implicazioni in termini di medicina personalizzata. Inoltre verranno trattate pionieristiche applicazioni della metagenomica nel contesto “one health”, dove i microbiomi divengono centrali per la salute del pianeta e per la sua storia evolutiva dei suoi abitanti. Durante le esercitazioni gli studenti impareranno a condurre uno studio di metagenomica, partendo dalle sequenze grezze fino alla discussione del dato.
Contenuti
- Metagenomica applicata alla “microbiome science”,
- Approcci di next generation sequencing
- Bioinformatica e biostatistica applicata allo studio dei metagenomi
- Ecologia e dinamiche dominanti nelle comunità microbiche
- Microbiota e “one helath”, centralità dei microbioti per la vita sul pianeta, interazioni con le dinamiche di “climate change”
- Il microbiota intestinale umano, storia co-evolutiva e applicazioni in medicina personalizzata
- Il microbiota in olobionti (animali e piante) dalla plasticità fenotipica alla filosimbiosi
- Paleometagenomica, studio dei microboti antichi e delle loro dinamiche evolutive e co-evolutive
Testi/Bibliografia
Lesk Introduction to Bioinformatics (V Edition_2019)
Metagenomics, perspectives, methods and applications, M Nagarajan (2017)
R in action, third edition
Multivariate analysis of ecological data with ADE4
Brook, biology of microorganisms 15th edition
Papers and reviews suggested by the teacher
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Marco Candela
SDGs
L'insegnamento contribuisce al perseguimento degli Obiettivi di Sviluppo Sostenibile dell'Agenda 2030 dell'ONU.