85292 - PROKARYOTIC GENOMES

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del corso, lo studente conosce le principali tematiche legate al sequenziamento, all'assemblaggio, all'annotazione dei genomi procariotici, con particolare enfasi sull'uso delle tecniche di next generation sequencing per l'analisi strutturale e funzionale dei genomi. Lo studente è inoltre in grado di comprendere la struttura della variabilità genetica e dei relativi effetti fenotipici, visualizzare genomi procariotici, applicare metodi per l'analisi dei dati genomici, interpretare e pianificare correttamente studi genomici nei batteri.

Contenuti

Gli argomenti coperti dal corso (Modulo 1+Modulo 2) sono i seguenti:

• Introduzione ai Procarioti: la cellula procariotica, dimensioni, forme e organizzazione, strutture interne ed esterne alla cellula, crescita microbica
• Diversitá dei Procarioti: tassonomia e filogenesi di Batteri e Archaea, l'albero della vita, i cronometri molecolari e l'albero filogenetico, nicchie ecologiche, diversitá metabolica e fisiologica
• Sequenziamento del genoma: tecnologie di sequenziamento, assemblaggio/ricostruzione del genoma completo, annotazione del genoma
• I genomi dei procarioti e la loro plasticitá: struttura del genoma, i plasmidi batterici e gli elementi trasponibili,le  Genomic Islands, core genomes VS accessory genomes, coniugazione batterica, trasduzione e trasformazione
• Genomica comparativa e Banca dati di genomi microbici
• Mutagenesi come strumento per lo studio della funzione genica: tipi di mutatzione, mutagenesi mediante trasposoni e mutagenesi mirata
• Genomica funzionale: Trascrittomica (RNA-seq e Microarray), Proteomica, Metabolomica

Testi/Bibliografia

Non sono richiesti specifici libri di testo. Il materiale usato puó essere ottenuto on-line sottoforma di review e/o specifiche pubblicazioni sientifiche. In arternativa, il materiale didattico potrá essere fornito agli studenti come articoli stampati.

Metodi didattici

Gli argomenti del corso saranno presentati mediante lezioni frontali, discussioni e lavori di gruppo.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

L'esame finale comprenderá un test scritto costituito da domande corte, domande lunghe e domande a scelta multipla. Inoltre, potranno essere effettuate delle valutazioni in itinere assegnando compiti che gli studenti dovranno affrontare in gruppo.

Strumenti a supporto della didattica

Le lezioni saranno effettuate principalmente usando presentazioni power point. Alla fine di ogni lezione o al completamento di ogni argomento, saranno fornite review e pubblicazioni scientifiche insieme ad eventuale materiale didattico aggiuntivo. Potranno essere inoltre usati video di tipo "open source" in supporto alle lezioni frontali. 

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Martina Cappelletti

Consulta il sito web di Raymond Joseph Turner