Nell’ottobre 1999 l’Università di Bologna costituisce la Fondazione Federico Zeri, con sede legale a Mentana, approvata dal Ministero per i Beni e le Attività culturali il 12 settembre 2000, con lo scopo di valorizzare il lascito dello studioso.
Con testamento datato 29 settembre 1998, Federico Zeri lega infatti all’ateneo bolognese la villa di Mentana, il parco di 10 ettari, 3 case coloniche, la collezione di epigrafi romane, la biblioteca d’arte (circa 90.000 volumi tra libri d’arte e cataloghi d’asta) e la fototeca (290.100 fotografie).
In accordo con le volontà espresse da Federico Zeri, il progetto dell’Università di Bologna, attraverso la Fondazione, è quello di costituire un centro di ricerca avanzata nel campo degli studi umanistici, altamente specializzato nell’ambito della Storia dell’arte e insieme un centro di promozione della cultura, nel contesto di un’università moderna e dinamica e con l’appoggio di un qualificato collegio scientifico internazionale. A questo scopo, la Fondazione ha avviato rapporti di collaborazione e progetti con altre importanti istituzioni del settore: la Fondazione B. Berenson di Villa I Tatti a Firenze, il Getty Research Institute di Los Angeles.
Il 5 ottobre 2006 la Fondazione Zeri ha inaugurato la propria sede a Bologna nel convento restaurato di S. Cristina, prestigioso complesso d’epoca rinascimentale situato nel centro storico di Bologna, che l'Università ha reso funzionale alla sistemazione dell’archivio fotografico e della biblioteca di Zeri e alla organizzazione del centro studi.
A Villa Zeri a Mentana, opportunamente arredata e attrezzata con postazioni informatiche, si svolgono corsi di formazione specialistica e seminari per giovani studiosi e dottori di ricerca.
